馬英九先生在擔任台北市長期間因特別費被檢舉貪污。經台北地方法院96矚重訴1號判決無罪。其中重要之理由為偵查筆錄之真實性。經證人吳麗汝於地院審理中當庭表示偵查筆錄與其當時所述意思不符，經當庭勘驗錄音，法院認為「偵查筆錄之記載，或係檢察官以假設性用語『理論上』提問提問，筆錄中問題及應答卻略而未顯，或僅是證人以口頭語方式所為『對』、『嗯』之言詞，而非針對問題回答，亦非為筆錄所記載之肯定答覆，甚至在實務上整理證人回答以為紀錄，亦未見如此差異，顯見該筆錄確有斷章取義之處，且有筆錄記載與實際問答不符之情，是筆錄記載與證人實際證述內容既有不符，彰顯前開偵查筆錄不具特信性，而有顯不可信情況，應依刑事訴訟法第159條之1第2項之反面解釋，上開部分之筆錄無證據能力，不能為證據，應以本院勘驗筆錄代之。」
馬英九何許人? 且案號列「矚重訴」字，各界觀瞻所繫，才能將偵查筆錄大翻案。換作他人，恐怕牢獄之災是逃不掉的。監察院調查103司調0038邱和順殺害陸正案與102司調0032殺害殺害保險業務員柯洪玉蘭命案，法院判決將欠缺任意性與不具證據能力之自白及認罪供述作為證據，審判期日調查之證據未予調查，共同被告間自白相互矛盾並與其他卷內證據不相符合欠缺信用性，原確定判決對於該自白瑕疵處未予究明，而採為判決基礎；103司調0013鄭性澤案，判決將檢察官疲勞訊問及不正訊問之連續與再連續，並欠缺任意性與真實性之被告自白及認罪供述作為證據；101司調0022林忠正案，檢調涉嫌以利益交換泡製「污點證人」、不實筆錄及非法監聽等，太多案件均無法像馬先生般幸運，都未能在審判庭翻案成功。
馬英九先生吃了特別費案的悶虧，差一點不能選總統。因此，一旦選上總統便想要對偵查筆錄有所規範。也不知從哪裡來的「天兵」，建議馬先生在偵查庭給被告一個螢幕的「絕」招，讓被告一路講一路看。從此被告便可以面對螢幕，字斟句酌。因為要等十個手指都是大拇指的書記官慢慢打字，被告就好整以暇地設想對自己最有利的說詞，甚至在說了下句，還回頭要求改上句。如此的偵查筆錄大概只能辦到笨賊被告。檢察官也一再反映，螢幕設置耽誤偵查庭進行速度，並且螢幕擋住被告顏面表情，妨礙被告心證的呈現。然而上級心意已決，大筆預算已定，堅持貫徹設置螢幕的政策。法務部未針對筆錄失真之根本原因，籌謀改善之道，捨本逐末，舉措失當。
刑訴第 96 條規定，「訊問被告，應與以辯明犯罪嫌疑之機會；如有辯明，應命就其始末連續陳述」。訊問庭備置受訊人電腦螢幕絕非解決偵訊筆錄真實可靠之唯一方法。馬總統為了讓被告對筆錄沒有爭論，允許面對螢幕字斟句酌，而斲損了真實發現。
監察院曾在099司調0038字指出，無被告簽名之必要，更無理由成為審判之直接證據。立法院曾於民國九十六年三月二日院會決議，要求刑事訴訟法於六年內改為起訴狀一本主義。法務部未就刑事訴訟法修法之趨勢妥為研議，訊問備置受訊人電腦螢幕乃為迥異之作為。
依真實發現主義與直接審理主義之立法精神，於審判外之言詞或書面陳述不得作為證據。然而，刑訴第159條規定，被告以外之人於審判外之言詞或書面陳述不得作為證據。第159-1條規定，被告以外之人於偵查中向檢察官所為之陳述，除顯有不可信之情況者外，得為證據。因此，偵查程序中被告之簽名筆錄，審判長依刑訴第288條，在審判期日調查證據時，僅以宣讀或告以要旨便將偵查中筆錄，作為審判中不爭執之證據。為了滿足「當事人不爭執」之條件，遂有刑訴41條命受訊問人於筆錄記載之末行簽名、蓋章或按指印的規定。檢察官便一貫要求被告於偵查筆錄簽名，作為日後當事人不爭執的證據。
依照無罪推定原則檢察官應在法庭向法官提出證據，證明被告有罪。即使檢察官提出偵查中之筆錄作為證據，也應該由檢察官向法院證明其內容真實，且符合法律所要求之任意性；而非以被告既在筆錄簽名，當不能認為非出於自願之供述。依刑訴第 95 條被告既然得保持緘默，無須違背自己之意思而為陳述。刑訴156條，被告未經自白，又無證據，不得僅因其拒絕陳述或保持緘默，而推斷其罪行。是則筆錄又為何非簽名不可 ?
書記官有依法獨立製作筆錄之權責。然而目前多數情形皆以檢察官整理被告之供述，再命書記官打字。書記官不再獨立制作筆錄，而成為的打字員，違反刑事訴訟法程序中，問、錄分屬之機制。筆錄應有其純潔性，真實記載受訊(詢)問人之陳述，脫離訊(詢)問者主觀之意志。故刑事訴訟法第四十三條及第四十三條之一第二項前段規定，筆錄製作跟訊(詢)問人有別，二者各有其功能。然我國刑事訴訟實務，被告於法院公開審理時，爭執偵查階段筆錄真實性之情形，實屬常見，主要原因乃目前實務上訊(詢)問人常指導筆錄製作者，已摻雜其主觀之意志，筆錄已失真，難達刑事訴訟法發現真實之要求。故不論於偵查或審判中，筆錄製作權者書記官，應立於獨立超然地位，非依法官或檢察官代為整理後，而聽其指示作打字員之工作。書記官有依法獨立製作筆錄之權責，惟目前率以檢察官整理被告之供述，命書記官打字，侵害刑事訴訟法程序中，問、錄分屬之制衡機制，甚至有偽造公文書之可能。
現今書記官之出身具法律專業訓練專長者，約僅三分之一。雖然目前全國大學法律系、組計三十餘所，每年畢業逾千人，法務部長年未以考拔具法律專長，能充分理解案件進行之人員充任記錄書記官。法務部常務次長及檢察司司長於本院約詢時亦表示，檢察機關書記官部分係循內部升等考試產生，目前雖均經由國家考試，然並不要求書記官應考資格為法律科系畢業，故檢察機關書記官法律專業素養是有參差不齊之情形。又書記官電腦鍵打速度，未能普遍達到可順利記錄庭訊要點之要求，是庭訊筆錄失真之困難之一。
刑訴第159-5條「被告以外之人於審判外之陳述，雖不符前四條之規定，而經當事人於審判程序同意作為證據，法院審酌該言詞陳述或書面陳述作成時之情況，認為適當者，亦得為證據。」被告在警訊之筆錄經簽名之後，日後翻案又何其困難。鄭性澤於警詢期間刑求已臻顯著，當時所作筆錄無論如何當無證據能力，但是法院卻認為，「又依卷附訊問筆錄記載觀之，該筆錄係由臺中地檢署檢察官沈淑宜於九十一年一月六日上午十時四十分，在行政院衛生署豐原醫院所製作。無論就訊問時間、空間，尤其負責訊問者是檢察官，均與前開警詢有相當差距，參酌殺警係屬重罪，其嚴重性為通常知識之人所明知，觀上開自白，其內容詳盡，上訴人果無上開犯行，實無理由為上開自白，是縱令警方於警詢時有違法取供情形，亦與上訴人於檢察官訊問時之自白任意性無何關連性，尚不得認定上訴人此部分自白無證據能力。」案重初供的辦案傳統，常使被告哭訴無門。
審判期日之訴訟程序，專以審判筆錄為證，刑訴第47條訂有明文。筆錄真實性之重要不言可喻。非但檢察官賴以為起訴後，向法院舉證之重要手段；也是被告賴以澄清辯白的重要憑據。筆錄之製作重在真實客觀，而非檢察官之工具，亦不在於當事人是否滿意。無論就司法之改革與人權之衛護，筆錄真實可為第一要務。
