日本經濟産業大臣菅原一秀9月20日表示，就日本加強對韓出口管制一事，韓方認為日方做法違反世貿組織（WTO）協定，日前已向WTO爭端處理機構提起爭訟，日方就此同意與南韓舉行雙邊磋商。不過《日本經濟新聞》指出，如果日韓在60天的磋商期間無法解決爭端，全案將移交相當於一審的紛爭處理小委員會審理。由於日韓意見相左，未來若無法通過磋商解決，出口管制問題很可能走向長期化。
日本日前將南韓移出「安全白名單」、對其加強出口管制，日本對韓出口的高純度氟化氫、氟聚酰亞胺、光致抗蝕劑，此後全部改為個案審查許可制。韓方對此改變提出質疑，認為此案並非單純的貿易問題，而是與二戰強徵勞工有關的歧視性措施，因此在本月11日向WTO提起訴訟。
根據WTO的爭訟解決機制，當事國的雙邊磋商將是第一步。雙方應在提出要求的30天內進行磋商，磋商期為兩個月。若經磋商仍未達成協定，原告可向WTO爭端解決機構申請組建專家小組，由第三方作出判斷。相當於「一審」的專家小組在6個月內提交應相當於裁決的報告，當事國若對內容不服，可上訴至上訴機構，相當於「二審」的上訴機構的報告將是最終裁定。
菅原秀一20日在內閣會議後的記者會強調「不違反WTO協定的日方立場不會改變」，具體的磋商日程則將與韓方協調。南韓產業通商資源部20日也表示，日本政府同意在世貿組織（WTO）爭端解決機制下，與韓方進行雙邊磋商。不過包括《共同社》、《韓聯社》等日韓兩國媒體均認為，雙方透過協商機制解決問題的機會不大，如果進入專家小組的調查程序，這場「出口管制戰爭」可能會拖到兩年以上，日韓貿易戰可能會有長期化的趨勢。
