新政府520上台後，軍中連番爆發5月虐狗事件、7月雄三飛彈誤射、8月戰車翻覆等重大意外，不僅打擊國軍形象，也連帶影響總統蔡英文的民意支持度，朝野對國防部長馮世寬是否還適任，都出現質疑聲浪。但據權威消息透露，總統蔡英文至今仍力挺馮世寬，短期內也沒有更換國防部長的打算。
相較馬英九 蔡英文對國軍犯錯容忍度高
據了解，對於上任後軍紀意外頻傳，身兼三軍統帥的蔡英文認為，這些都屬系統性問題，要真正改革的是軍中文化，而這不是換人就可以解決，因此至今仍力挺馮世寬繼續軍中改革；同時相較於前任總統馬英九，蔡總統對國軍犯錯的容忍度較高，但她也要求軍方高層有錯就改，更不能官官相護。
權威人士表示，以近來軍中幾項重大危機來說，高層認為雄三飛彈發生誤射，應該由海軍負責；這次戰車翻覆意外，則該由陸軍負責，無須追究到國防部長。高層認為，馮世寬真的有錯該負責的，其實是陸戰隊憲兵虐狗案，因事後的危機處理不當，導致國軍形象受損，但考量馮世寬當時是受到某民進黨立委壓力，才會誤判情勢，因此總統也未多加苛責。
馮世寬國防部外接見動保團體 蔡英文不滿
據指出，在虐狗的「小白」事件處理過程中，馮世寬最後會親自出面到國防部大門口接見動保團體抗議，背後是為了回應某綠營立委要求；但可能因為馮不了解民進黨內部的政治文化，對於綠委要求就當成高層旨意，導致危機處理失序，只有此事蔡英文對馮曾有微詞。
據了解，蔡英文為表示力挺國軍到底，事後還特別把這名綠營立委找來「訓斥」，要求黨籍立委不得再對國防部施壓。權威人士說，蔡英文因深感自己還有兼任三軍統帥的重任，因此不能只顧民意而不顧軍心。
蔡英文挺軍方 約束綠委別亂
高層指出，小英類似讓軍方當靠山的決策已有不少案例，像是愛國者三型飛彈在台中太平坪林設飛彈基地，有台中的民進黨立委為此帶頭向軍方抗議，也被小英特別找來「溝通」；還有台北市的民進黨籍立委，一再帶頭逼迫軍方，並要求市府請國防部交出位於北投的國防大學政戰學院用地，蔡英文也相當關切，近期可能很快就會點名約見。
知情人士指出，由於參謀總長嚴德發上將到11月底就將屆齡退伍，外界認為國防部長職位可能屆時一併調整，但若觀察蔡英文目前對馮世寬的信賴程度和雙方良好互動，加上目前並無更好的部長人選，小英總統將會持續力挺馮世寬做好軍中改革。
未來參謀總長 李喜明、邱國正呼聲高
因而12月初的軍方高層人事異動，很可能只侷限在軍令系統，除非期間國軍又出更大的問題；而新任參謀總長人選，包括軍政副部長李喜明和陸軍司令邱國正都有很高呼聲，最後由誰接任參謀總長，仍待層峰拍板定案。
