九合一大選，民進黨在農業縣大輸。陳吉仲原本說要與時任農委會主委林聰賢「共進退」，如今卻從副主委升任主委。他今（18）日接受廣播節目專訪表示，自知會是許多人批評的對象，但他不在乎個人毀譽，談及對於農業的使命感，陳吉仲還一度哽咽。
陳吉仲表示，他出生於農家，養過豬、也種過紅豆、稻米等作物，因此對農業「一生懸命」。而選前他就有跟林聰賢表達願意「共進退」的想法，但行政院長蘇貞昌上任後對他說，要為國家不要想到個人，再加上幾位前主委的鼓勵，讓他決定留在這個位置上。
對於選舉挫敗的原因，陳吉仲說，主因是許多政策執行的不夠徹底，像是林聰賢主政時，給了他們充分的授權，做許多突破以往沒做的事，像「農民職災保險」就是30、40年沒有做到的政策，農民每個月只要花15元就能獲得保障，但執行效果卻不好，僅有不到10萬人投保，可能就是沒有完整宣導讓農民知道這件事情，需要檢討。
坦言希望吳音寧主動提離職 但她堅持制度「怎麼來就怎麼走」
談到前北農總經理吳音寧，陳吉仲表示，選後的星期一就有邀請吳音寧來他的辦公室，希望她主動提出離職，但「音寧就是音寧」，她認為國家有制度在，怎麼來的就要怎麼走，就跟她不去立院備詢一樣的意思，不會因為外界壓力就去屈服。在吳音寧面前，陳吉仲坦言「相形慚愧」，因為她是有自信、信念堅決的人。 （相關報導： 吳音寧遺缺找到了人!農委會薦翁震炘接北農總經理 ｜ 更多文章 ）
現在接下農委會主委一職，陳吉仲說，他從來沒有思考做這位置要多安穩，唯一要做的就是解決農民的問題，要做出農業部門最高的貢獻，尤其現在是非洲豬瘟高峰，防疫階段不能有漏洞，考慮到自己的國家，他無從選擇，只能接下重擔。
