而公審會的存在，又有著什麼樣的爭議呢？其中主要包含以下3項。
實質審查，恐限制人民意志
公審會專責包含「全國性公民投票事項之認定」及「提案是否為同一事項之認定」。換句話說，等於具有「實質審查」權限，如可決定公投命題是否成案等。
在2012年就曾發生由台聯黨團提出、且有43萬人連署的「你是否同意政府與中國簽訂『ECFA』？」公投，遭公審會以「公投主文與理由相互矛盾」等理由駁回，被外界認為是台灣民主法治的一大倒退。
組成人員疑「球員兼裁判」
雖有同黨籍委員不得超過委員總額的2分之1的規定，但其成員由行政院提請總統任命，而行政院長又為總統提名，因此仍被外界質疑有「自己人」的嫌疑。
至於目前的公審會委員，有些為國民黨智庫學者，現任公審會主委、淡大國際研究學院院長王高成就曾多次在國民黨智庫發文，並以「先立法再審查，拖死服貿？」、「台灣共識立法、台灣先分裂」為題，政治立場鮮明。
肥缺？沒開會照領兼職費
公審會並無經常性業務，不過其主委及委員，卻可分別領8000元與4000元的兼職費，相較其他行政院及各部會委員是依實際出席情況領2000元的出席費，公審會委員確實「很好康」。
不過，公審會官員曾為此解釋，表示依照「軍公教人員兼職費及講座鐘點費支給規定」，可按月支給或依實際出席次數，而公審會則是採按月支給，因此並無不法。行政院人事行政總處也說，公審會未違法，但「其決定合不合理，可受公評」。
