新任教育部長吳茂昆就職第一天，就被前同事一狀告到地檢署，告發罪名包括涉嫌圖利、違法兼職等，儘管所述情節在過去數年，包括吳茂昆國科會主委乃至東華大學校長任內，都業經監察院調查並糾正，能否構成「不法」猶有疑義，但是無論如何對臨危授命的教育部長來，都不是一件令人愉快的事。
圍繞吳茂昆的爭議，年代並不久遠，對許多東華大學的師生而言，宛如昨日，可以說明為何人事案一經曝光，即有教授直書其爭議並投諸媒體，緊接著狀告地檢書；至於吳茂昆在一夕之間竟也爆出在中國「兼職」情事，兼職範圍竟從中國科學院到可以攸關軍武發展的西部超導公司，吳茂昆在就職前夕發出千字文，澄清諸多爭議，包括美國籍並無其事、請假太多無心校務則一切依規定辦理，溢價經費亦經調查屬行政疏失而非個人行為，重點是解釋他在中國的各種「兼職」都是「被兼職」，就如同內政部長葉俊榮，和引發爭議迄今無法就任的台大校長當選人管中閔一般。
學術自由不因顏色有別，不該受政黨框限
簡單講，如果沒有過去三個半月的「卡管案」，吳茂昆的「被兼職」情節大概不至於如此「聳人聽聞」，這說明了幾件事，也是吳茂昆職掌全國教育行政之後，至少在高教範疇必須努力的功課。
首先，兩岸學術交流到底是不是政府鼓勵（或至少同意）的事項？兩岸學術交流行之經年，並非始自馬政府，不要說管中閔，包括吳茂昆的交流紀錄都自扁政府時期開始，相關規範並無太多差異，既未更開放亦未更緊縮，對國立大學教授而言，可以交流訪學甚至短期客座授課，但不能在編制內兼職，這個規範基本合理，不因教授學門而異，當然更不能因教授個人政治好惡而異，學術自由本來不該受政黨框限，尤其不能因為教授曾經身在藍政府就罪大惡極，曾在綠政府就全無約束。這把尺，必須一致。
「卡管案」之所以會引發眾怒，就是因為主政者以顏色為群分的標準，甚至無視合法程序，先不論管中閔一連通過校務會議、遴選委員會二階段投票都高票過關，肆後在教育部要求下重開遴選委員會和校務會議都再確認其當選無疑義，特別是校務會議的決議可否票數懸殊，三分之二通過要求教育部依法聘任管中閔的代表們，難道都支持或喜歡管中閔嗎？當然不！但他們反應尊重程序的精神，不容教育部一再忽視。
赴陸訪學若成禁止條款，大學人才庫將一夕清空
其次，國立大學教授赴陸訪學講座，幾幾乎已經成為兩岸學術交流的常態，中國大陸學者到台灣講學者亦所在多有，但被掛上網「虛銜兼職」，學者可能知情可能不知情，知情也有可能為客套故或自覺亦屬光榮故，不強求撤下，不知情者那根本就無從要求撤下，就像吳茂昆若所言為真，則不僅中國科學院包括西部超導公司，他從未兼職，僅正式或非正式提供諮詢，如果吳茂昆可以，為什麼管中閔不可以或其他學者不可以？難道真要立下一個標準─「深綠學者」可以提供中國軍武材料發展的諮詢，而非綠學者連計量經濟的演講都不行嗎？ （相關報導： 風評：「卡管」的荒謬─葉俊榮與有榮焉VS.吳茂昆不致違法 ｜ 更多文章 ）
吳茂昆的領域比管中閔的領域更專業更高端，別忘了，二戰期間若非希特勒迫害猶太人科學家，美國不會在原子彈發展上搶先一步，其對國家安全的影響，難道不超過計量經濟嗎？吳茂昆聲明強調「貢獻所長，不應被刻意栽贓抹黑」，他應該用相同標準和心情，看待所有貢獻所長的學者們，不要說國家發展，人類文明的發展（當然包括戰爭科技）很大程度都是因為自由的學術交流，這是學有專精的學者們的最大價值！
