政院綠能屋頂方案大轉彎，從原先的補助設置費又改回現有的系統商出資、民眾出屋頂模式，只是增加屋主租金比例。對此環團及業者批評，民眾、業者少了補助都會降低設置誘因，政府提高租金也不見得讓屋主願意冒著風險大興土木；也有業者也認為，與其提高費率，簡化小屋頂太陽光電申設流程才是真正關鍵。
台灣環保聯盟秘書長陳秉亨認為，政府要讓全民參與綠能是正確方向，但也應讓民眾得到一點綠能帶來的收益，否則「只會賺到漲價的電費」。陳秉亨指出，小屋頂現在因違建、設計等問題，加上業者成本考量，本來就不受青睞，「如果划算早就做了，」政府應提供更多誘因。
房屋60坪每月才賺3000元、合約一綁20年 屋主恐意興闌珊
開放消費者認購小面積太陽能板的「綠點能創」，以屋頂型太陽光電為主要設置項目，目前累積裝置容量超過1MW。創辦人馮嘯儒認為，政府原先提出補助方案，讓有意裝太陽能板的屋主第一年就可以獲得收入，能有效提高屋主參與意願。但如今改循現行模式、僅增加屋主租金，屋主只能每2個月分到躉購電價，意即一戶60坪的房子每個月收入頂多增至3000元，還得「綁約」20年，屋主自然無感。
馮嘯儒也分析，無論是裝設10kw或是100kw的太陽能板，相關施工機具、工班成本都相同，有時料件成本還能因設置量大而降低，種種成本考量下，業者自然屬意「做大的」。
申設流程至少6到8個月 太陽能系統公會直言租金並非關鍵
太陽光電發電系統公會理事長郭軒甫更直言，業者要給屋主多少租金應取決於市場機制，政府要大力推太陽光電，重點應是簡化行政流程、並釐清違建與太陽光電的責任歸屬。郭軒甫指出，目前業者無論蓋10kw或100kw的太陽能板，申設流程都需要6到8個月，相較之下中國小型太陽光電從申請到安裝只需20天，「（台灣）這種流程有誰願意去做？」
另外違建部分，郭軒甫也認為，民眾裝設太陽能板的意願其實很高，但往往主管機關一看到違建就不發許可，業者自然也不敢申設。他建議政府應詳細規範各種違建和太陽光電共存的開放類型，讓民眾及業者明確知道什麼樣的屋頂可以蓋、或是蓋了會有哪些風險。
小屋頂申設困難重重 能源局盼地方政府出手整合
面對業者指小屋頂太陽光電申設困難重重，能源局主秘蘇金勝表示，未來能源局預計透過補助地方政府的方式，由地方政府出手整合大樓或社區的屋頂，讓業者不用分別找屋主談、就能一次施作多個屋頂型太陽光電，如此不僅能降低系統商的行政流程及設置成本，太陽能板也會比較整齊。
