為督促廠商落實資安維護，軍方已訂出安全查核辦法。在國評中心完成廠商分級後，會由政戰局保防安全處編組，實地檢查人員、設施、保全、資安等項目。廠商亦須切結不得有中資，經確認後才會發給合格證。包括下游廠商在內，每年都要定期進行查核。
對外界擔心有紅色資本滲透，國防部採購室依據公共工程委員會函釋，訂出「國軍辦理涉及大陸地區財物或勞務採購注意事項」，確保來投標的國防廠商得要「零中資」。依據上述規定，只要是涉及國家安全的國防建案，不論中資是直接投資或透過海外公司轉投資，那怕僅持有1％，經濟部投審會在上游把關時就會予以剔除。
此外，潛艦國造案曾傳出有遊走兩岸的廠商得標，引發高度爭議。國防部在新規範中設限，廠商如於兩岸都設有公司，得標後不能讓生產與技術外流對岸，軍方將出動專案管理監審作業整合團隊（WIPT），實施履約督導，事前事後層層把關。
