首先在機制方面，《國安法》在香港新設層層機制，包括香港政府的「維護國家安全委員會」、「警務處國家安全處」、「律政司國家安全犯罪案件檢控部門」以及中央政府駐港的「維護國家安全公署」，這些機構的特點在於均由中央政府掌握主要人事權，相關決策人員必須經過中央政府的任命、指派或首肯，並非由香港自行決定。此外，國家安全委員會和國家安全公署的秘密性和不受問責性，與香港法治格格不入。
在程序方面，《國安法》將案件分為香港管轄與中央管轄，在香港管轄案件中擴張了香港警察調查權力，這些權力缺乏外部監督控制；審理國安法的法官必須由香港特首指定；在特定情況下，被告受陪審團審判無法得到保障，庭審也可能不對外公開。這些程序均有損司法獨立、公平審判權與人身自由的保障。此外，《國安法》創設中央管轄案件，繞道而行地創造「送中」案件，使中國執法與司法機關得以長驅直入管轄香港國安案件。
在罪名方面，《國安法》「分裂國家」、「顛覆國家政權」、「恐怖活動」和「勾結外國或者境外勢力危害國家安全」的條文定義模糊，可能涵蓋到許多反送中抗議中常見的和平行為言論，也可能包含一般民主國家中正常倡議、監督批評政府的行為。目前實務中出現香港警方用《國安法》箝制人民自由的問題，造成大眾自我審查與噤聲，違反國際條約《中英聯合聲明》、中國《基本法》、《香港人權法案條例》以及國際人權法所保障的基本自由權利。
在管轄（效力範圍）方面，《國安法》的長臂管轄毫無適用限制，有別於一般「保護管轄」的原則，這種高度侵入性的全球域外效力，再結合該法許多定義模糊的罪名，容易干涉到他國公民自由與他國內政事務，因而違反國際人權法以及國際法的「不干預原則」。因此，許多民主國家已經暫停或決定不批准與香港的引渡條約。雖然中國和香港要執行《國安法》的長臂管轄會遇到許多困難，然而《國安法》不必仰賴引渡成功的案例，便可能造成境外噤聲效應。
應該如何因應這些問題？香港與國際學界、倡議團體等已經開始主張香港民間和司法應該善用《國安法》相關人權規定，該法第4條明定：「香港特別行政區維護國家安全應當尊重和保障人權，依法保護香港特別行政區居民根據香港特別行政區基本法和《公民權利和政治權利國際公約》、《經濟、社會與文化權利的國際公約》適用於香港的有關規定享有的包括言論、新聞、出版的自由，結社、集會、遊行、示威的自由在內的權利和自由。」同法第5條規定「防範、制止和懲治危害國家安全犯罪，應當堅持法治原則」，並應遵守罪刑法定原則、無罪推定原則、一事不再理原則等。此外，《國安法》不溯及既往，在《國安法》施行以前的行為不應以《國安法》處罰。 （相關報導： 反共桌遊「逆統戰」預計明年上市 《環球時報》氣炸：台獨港獨勢力煽動青少年，已危害國家安全！ ｜ 更多文章 ）
這些重要的條文不應僅被看做是裝飾性的法條，而可以成為香港人民主張人權保障的基礎，香港民間可以也應該認真對待（並要求政府認真對待）這些條文，在香港本身豐富的人權法治資源上持續深化人權底蘊，為未來的民間倡議、法庭攻防和司法決定提供扎實的基礎素材，減少《國安法》的傷害。
