《港版國安法》備受爭議議題之一為該法的「長臂管轄」。根據《國安法》的規定，該法不僅規範在香港特別行政區內實施之犯罪（第36條），也包含香港永久性居民以及在香港成立的公司、團體或非法人組織在香港以外實施的犯罪（第37條）。最受到外界矚目者是第38條的全球效力，該條規定：「不具有香港特別行政區永久性居民身份的人在香港特別行政區以外針對香港特別行政區實施本法規定的犯罪的，適用本法。」
這種毫無限制的域外效力，相當罕見。一般而言，一國刑法處罰的是該國領域內發生的犯罪，此為所謂的「屬地管轄」原則。此外許多國家也處罰自己國國民在國外的某些犯罪行為，為「屬人管轄」原則。只有在例外的情況下，為了保護自己國家重要法益，可以將法律效力向域外延伸，針對外國人在外國的行為予以處罰，此為所謂的「保護管轄」原則。
雖然「保護管轄」原則有正當理由，但由於一國刑法的域外效力可能干涉到其他國家公民的行為和內政事務，因此各國在適用「保護管轄」時多有所限縮，不會毫無條件的延伸處罰。例如，中國《刑法》也有採「保護管轄」，該法第8條規定：「外國人在中華人民共和國領域外對中華人民共和國國家或者公民犯罪，而按本法規定的最低刑為三年以上有期徒刑的，可以適用本法，但是按照犯罪地的法律不受處罰的除外。」換言之，中國《刑法》的「保護管轄」有兩個適用前提要件，一是在中國《刑法》下屬於最低刑為三年以上有期徒刑之犯罪，二是該行為按照犯罪地的法律也應受到處罰（此為「雙重犯罪原則」）。值得一提，在中國司法實踐上第8條的案例極為少見，可見「保護管轄」適用的節制。
相較之下，《港版國安法》第38條就「針對香港特別行政區」實施的犯罪並無任何限制要件，無論犯罪輕重，也不管行為地是否有處罰該行為的規定，《國安法》的觸角都要向外延伸。這種高度侵入性的域外效力，再結合該法許多定義模糊的罪名，引來許多國家批評。
過廣的「保護管轄」容易干涉到他國公民自由，違反國際人權法，此外，國際法專家凌兵教授也指出，浮濫的「保護管轄」也可能形成對他國內政事務的干涉，違反國際法的「不干預原則」。香港警方依據《國安法》通緝美國公民便是典型案例，7月底港警依涉嫌違反《國安法》通緝6名海外人士，其中有成功推動美國《香港人權與民主法案》的「香港民主會」（Hong Kong Democracy Council）總監朱牧民，朱牧民已歸化為美國藉逾25年，從媒體報導得知自己被通緝後，朱牧民表示：「我以美國公民身分，在美國土地上並代表美國機構遊說我自己政府，要說我的工作受到香港警方、政府管轄很荒謬。」 （相關報導： 「未經批准上市」的新冠疫苗也敢用？中國浙江啟動緊急接種，專家憂「未得其利，先得其害」 ｜ 更多文章 ）
朱牧民擔任非營利團體總監、在美國進行的遊說顯然受到結社自由、言論自由的保障，在美國法下不屬於犯罪行為。中國政府與香港警方對他主張《國安法》的域外效力，企圖處罰在外國民主體制下正常的倡議行為，不僅違反香港在《公民與政治權利國際公約》下的國際義務，也可能形成對於美國民主體制運作的干涉，違反國際法的「不干預原則」。
