藍委呂學樟昨天考察中研院時，針對中研院研究員參與318運動、嗆馬等行為，表示中研院隸屬總統府下的單位，算是總統的「幕僚」，學運期間變成「嗆聲」部隊，對行政倫理、體制規範都是嚴重問題。但是翻開立法院法案關係文書，2012年呂學樟就曾連署同黨鄭天財委員的修法案，支持《公務人員行政中立法》應排除行政職以外的研究人員，不應箝制公民參與政治及言論自由的權利。
《公務人員行政中立法》制定目的，在於確保公務人員依法行政、政治中立，因而規範公務員參與政治活動。限制公務人員不得兼任政黨或政治團體的職務、不得兼任候選人競選職務、不得在上班時間從事政黨活動等。第17條第3款規定準用公立教育機構及公立學術研究機構研究人員等，一直遭質疑此條箝制中研院研究人員的參政及言論自由，因此包括藍委鄭天財、綠委尤美女都提出修正案，參考第1款準用「公立學校兼任行政職務之教師」，將第3款的「公立學術研究機構研究人員」修正為「兼任行政職務之專業人員或研究人員」，確保學術及言論自由不至遭到不合理限制。
翻出立法院的關係文書，當初鄭天財提出此修正案，呂學樟赫然出現在第一位連署法案的委員名單中，而根據立法院公報，審查會時呂學樟委員也表態支持修法，認同應明訂界限，不應箝制言論自由。這些歷史紀錄被網友搜出之後，四處轉貼，嘲諷他「為了護航執政黨、打壓學運，前後標準不一」。
《公務人員行政中立法》是限制公務員不得兼任政黨職務、介入黨政派系紛爭、兼任競選團隊職務，不得在上班時間從事政黨或政治團體活動，並不得為特定政黨主持集會、公開站台等行為。嚴格說起，其實支持研究員排除《行政中立法》，與呂學樟昨日批評中研院是「總統幕僚變嗆聲部隊，對行政倫理、體制規範是嚴重問題」等言論，並沒有直接矛盾牴觸。但站在曾支持研究員不應受行政中立法規範，保障其言論、學術及參政自由的呂學樟委員，昨天這番爭議言論，也確實引起網友懷疑有前後言行不一之嫌。台大教授劉靜怡也在臉書反問呂「天天到國民黨智庫報到的各個研究機構人員和大學專任教師，算不算嚴守崗位？」
