台南鐵路地下化工程爭議已久，原本交通部鐵道局要在七月二十一、二十三日強硬拆除拒絕拆遷戶，但最後一戶拒拆戶陳家，不接受兵臨城下的溝通，衝突一觸即發。民進黨政府緊急踩煞車，再延兩個月協調。據了解，交通部長林佳龍於幕後主控危機處理，他為掌握第一手訊息，還親自在最前線負責拆除的鐵路局群組裡「潛水」（只看而不作聲）。
南鐵地下化拒拆戶曾向高雄高等行政法院提起行政訴訟，二○二○年四月八日宣判結果，對自救會不利。七月二十三日，交通部鐵道局在最後一棟拒絕拆遷戶、自救會會長陳致曉的家外，宣讀拆除程序「於法有據」，一一○名警力準備強勢抬人。
這個時候，有個關鍵力量一直隱身在拆遷群組裡。原本警方準備把抗拒拆遷人士一個一個抬出去，然後鐵路局再出動機具把房子給拆了，但是林佳龍事前不斷交代：「心態上不要把人家當成釘子戶。」
據指出，交通部確實發現，有些被拆遷戶心裡那道坎過不去的原因之一，就是不爽被視為很難搞的「釘子戶」，官方必須放下姿態協調。
另據了解，林佳龍評估，民意風向上，台南當地多贊成速戰速決，但全國民眾卻高度關注政府是否「強拆人家房子」。
據指出，林佳龍認為，政府若像苗栗縣政府一樣強拆民房，導致如大埔事件中的自殺身亡事件，民意可能反撲民進黨政府；何況南鐵拒拆戶裡，還有九十幾歲的阿嬤，要與房子共存亡。
據悉，林佳龍分析，台南以外的大多數民眾，其實未必搞得清楚大埔和南鐵兩件事有什麼不一樣，大埔是產業園區開發、台南為鐵路地下化，公共性不相同，可一旦強拆出事，全國民意只會納悶：「民進黨政府為什麼重蓋大埔？卻把南鐵拆掉？何以前後邏輯不一？」
據了解，林進一步認為，大埔和南鐵雖有不同處，但「共通點」是都涉及「居住正義」。人民會問：「為什麼原住戶不能選擇在自己的家園安身立命？政府要開路，為何不能選別的路？」
一三年起陸續發生的洪仲丘案、大埔強拆民宅事件，至一四年三月的太陽花運動，是國民黨政權落、民進黨政權起的轉折關鍵。
據指出，林佳龍評估，絕不能讓全國人民將此事跟大埔事件扣在一起，他責令第一線人員，不可把拒拆民眾當成釘子戶，要「將心比心」，感謝房子將要被拆的民眾，為公共建設所做出的犧牲。
就是怕第一線拆遷擦槍走火，釀出不幸，林佳龍在群組裡「潛水」，然後透過幕僚發號施令。二十一日清晨六點，鐵道局宣讀權利，大批警力準備清場；七點，警方退後五公尺；七點二十分，交通部宣布取消行動，延緩兩個月處理。
一九年六月，協助自救會的前環保署長詹順貴，曾多次與剛上任的交通部長林佳龍溝通，該次原要進行的強拆行動後來喊停；這一次，林佳龍在拆遷群組裡親自監軍，就怕硬碰硬釀出大禍。
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