他促成了禁止核材料運輸的《擴散安全倡議》，並為此受到稱讚。
對華鷹派、外交鷹派、戰爭鷹派
普遍認為波頓主張對北京強硬，屬於對華鷹派。
他2019年8月訪問英國時，曾敦促倫敦在伊郎核問題和中國電信巨頭華為公司等問題上採取強硬立場。
他還曾在出訪烏克蘭前對媒體表示，中國企圖通過「一帶一路」以及各類具有吸引力的投資，進行全球經濟擴張，而自己則準備向美國的朋友和夥伴警示中國投資帶來的風險。
波頓支持台灣自決，在2007年訪台時曾主張美國應該跟台灣恢復全面外交關係，他認為這符合美國的最佳利益。他更早在1994年時，就主張美國應支持台灣成為聯合國的完全會員。台灣前總統李登輝發表「特殊兩國論」時，波頓也表示支持。
2016年12月川普與蔡英文通話時，波頓當時說，美國總統可以與任何他想要接觸的人說話，只要他認為這是符合美國利益，北京不該指定美國跟誰說話。
波頓也曾表示，美國的「一中政策」已變成魔咒；那是1972年的決定，時代已經改變，他強烈主張川普應重新透過協商，改變40年來一中政策的慣例。
他曾建議美國在南中國海等問題上打 「台灣牌」來反制中國， 並主張美軍應在台灣駐軍。
最後翻臉
波頓是佛林（Michael Flynn）與麥克馬斯特（HR McMaster）之後的第三任國家安全顧問，2018年上任，2019年離任。
2019年9月10日，美國總統川普在推特上宣佈，他9日夜間告知波頓，白宮不再需要他，10日上午波頓遞交辭呈。
川普寫道：「我強烈不同意他的一些建議，其他幕僚也有同感，因此我請他辭職」。
2018年川普任命波頓出任國家安全顧問的決定一度令許多人感到意外，但也有人指出，他的鷹派外交思維與川普「美國優先」的思想契合。
曾有漫畫家以「波頓燉鴿」為主題作畫，展現他與「鴿派」勢不兩立。
波頓過去抨擊歐巴馬政府的外交政策不夠強硬，反對伊朗核協議，反對美國與古巴恢復外交，這與川普的方針不謀而合。
但外界觀察到，兩人近來就北韓、阿富汗、俄羅斯等對外議題產生了不可調和的矛盾，波頓的立場更為好戰，川普則更傾向於達成協議。
實際上，川普和波頓早在2003年伊拉克戰爭問題上就立場完全對立。
川普認為那是布希政府犯的一個嚴重錯誤，而波頓被認為替那場戰爭充當熱情洋溢的啦啦隊長。
肯塔基州共和黨參議員蘭德・保羅（Rand Paul）曾在一篇專欄文章中稱波頓「不顧一切地把美國在過去15年中犯下的幾乎所有外交政策錯誤都重覆了一遍」。
I informed John Bolton last night that his services are no longer needed at the White House. I disagreed strongly with many of his suggestions, as did others in the Administration, and therefore....
— Donald J. Trump (@realDonaldTrump) September 10, 2019
I informed John Bolton last night that his services are no longer needed at the White House. I disagreed strongly with many of his suggestions, as did others in the Administration, and therefore....
— Donald J. Trump (@realDonaldTrump) September 10, 2019
I offered to resign last night and President Trump said, "Let's talk about it tomorrow."
— John Bolton (@AmbJohnBolton) September 10, 2019
早有苗頭
川普與波頓的不和在最後翻臉前早有苗頭。2019年7月，川普在日本G20峰會上與外國元首談笑風生、突然與朝鮮領導人金正恩在朝韓邊境見面時，作為國家安全顧問的波頓，居然被派往對美國外交來說優先權重較低的蒙古。
雖然白宮稱，波頓的蒙古之行是早先計劃的，美國媒體仍將此解讀為波頓被川普「打入冷宮」。
川普2019年初還曾指責波頓試圖將美國拖入與委內瑞拉的戰爭。
實際上波頓沒有像布希時代那樣享有進入白宮內部小圈子的機會。據《紐約時報》報導，川普有時會把他稱為「邁克」，而不是約翰。
在波頓離職前幾個月，媒體多次披露他被排除在白宮重要會議之外。
美國有線電視新聞網（CNN）曾報道，波頓與國務卿龐畢歐在國際議題上爭奪政策話語權，幾個星期內兩人互相沒有說過一句話。波頓與白宮代理幕僚長馬爾瓦尼（Mick Mulvaney）的關係也冰凍三尺。
他辭職前幾天，川普政府剛取消了與阿富汗政府、神學士的三方和談，該談判因定在接近「911」恐襲週年紀念日之時而飽受爭議。 （相關報導： 「台灣特別不對川普的胃口」、「不想捲入香港爭議」 從波頓回憶錄一探川普的中港台態度 ｜ 更多文章 ）
波頓早前堅決反對與神學士談判，CNN的報導稱，龐畢歐及其他幕僚則支持達成協議。
