「以核養綠」公投案領銜人黃士修去年11月指民進黨主席卓榮泰及秘書長羅文嘉直接到中央選舉委員會「盯場」，以致中選會駁回核電延役、核能減煤公投案。事後中選會控告其涉嫌侮辱公署，經台北地方檢察署調查後，認為黃士修是合理的評論可受公評之事，應受憲法保障，今（13）日給予不起訴處分。
2019年11月11日，「核電延役公投」領銜提案人清華大學原子科學院長李敏、「以核養綠」領銜人黃士修等人舉行記者會，控訴府院黑手介入中選會。黃士修當天指出，包括卓榮泰及羅文嘉直接到中選會「盯場」，以致駁回核電延役、核能減煤公投案，也說前副總統呂秀蓮的和平中立公投，也是一連串違法舞弊。
爾後，中選會控告黃士修涉嫌侮辱公署。檢方2019年12月26日下午首度傳喚黃士修出庭，他強調，人民對於政府施政的合理批判，政府竟動用司法力量打壓人民言論自由，感嘆「我們已經變成獨裁專制的國家了嗎？」
黃士修否認中選會的控訴，指綠營朋友告知府院內定不合格率是11%，而自己領銜的公投案也被認定11%的不合格率；中選會第一天僅認為有1459張細微不符的連署書，1個月後卻變成有9592份未簽名連署書，質疑有竄改之疑。
檢方認為，因中選會確實駁回公投案，黃士修是針對具體事實指摘，而非抽象謾罵之侮辱性言詞，中選會職司辦理公投，指摘內容與公投是否成立有關，而公投涉及國民直接民權的行使，屬可受公評之事。檢方解釋，對於可受公評之事依個人價值判斷發表之言論，屬「意見表達」，尚未溢出「合理評論原則」範疇外，即便尖酸刻薄，批評內容足以使被批評者感到不快或影響其名譽，亦應受憲法之保護，難認黃士修有主觀上犯意，今依罪嫌不足，不起訴。
