從三批武漢包機返台的決策結果來看，民進黨政府背後隱約浮現兩派之爭──行政院長蘇貞昌堅持維持註記、走包機模式的「鷹派築牆」，與總統蔡英文主張人道主義的「鴿派搭橋」相互角力。
蔡英文臉書對北京釋善意
第一批武漢包機透過民航小兩會管道協商，二月三日由中國東方航空執飛返台，運載二四七名台灣人返台。為此，蔡英文二月四日透過臉書「感謝對岸給予協助」，向對岸遞出橄欖枝。
但因首次武漢包機有數十位大陸配偶，加上一位發燒患者最後確診為武漢肺炎，台灣官方質疑名單有問題，要求台方檢疫人員要隨機防疫，導致第二批武漢包機卡關。後來出現日本橫濱模式包機，接回鑽石公主號的國人。但中方堅持包機不能用撤僑模式。
延宕四十六天後，第二批武漢包機於三月十日以「特殊包機模式」上路，在台方主張的「橫濱模式包機」與中方主張的「非撤僑班機」之間，這次包機定調為「防疫專機」，由東航、華航共同執飛，共載回三六一人。
武漢第二批包機成行，蔡英文三月十一日又在臉書表示，雖然「過程一波三折，但任務終於順利完成，感謝雙方參與這一次包機任務的所有執行人員。」蔡英文再次向對岸釋出善意。
湖北省在三月二十五日開放離鄂通道、武漢於四月八日解除封城。第三批湖北返台的類包機，台灣政府沒有透過兩岸協商而是「操之在己」，由中華航空在台北─上海航線的兩個指定航班，在三月二十九日、三十日共接回三六七人。從湖北到上海的台灣人受盡折騰，搭黑車、借綠碼等方式各顯神通返鄉。而這次蔡英文也不在臉書發文表態。
台灣鷹派聲量高過鴿派
不過，兩岸在第三批包機談判期間，蘇貞昌三月二十四日在立法院強硬表態，堅持滯鄂台胞「維持註記、採包機模式」，反駁中央疫情中心指揮官陳時中主張「解封後比照其他地方辦理」，蘇被稱為「逆時中」。
由於蘇貞昌連日狠嗆中國，中國國台辦於四月一日點名批判蘇貞昌「暴露台獨本性、升高台獨聲調」。蘇貞昌成了繼賴清德之後，第二個被北京當局點名台獨的政府高層。而中國國台辦「批蘇不批蔡」，也隱約指向民進黨政府背後的兩派立場。
一派是蔡英文為首的鴿派，包括陸委會主委陳明通、海基會秘書長姚人多在內熟悉兩岸關係的國安高層。比如陳明通提出關懷陸配子女的「小明的故事」，兼顧人道和防疫政策主張在兩岸搭橋。
另一派是蘇貞昌為首的鷹派，結合高人氣的衛福部長陳時中，主張防疫重於人道，築牆優於搭橋，醫療照護能量有限，挾著台灣主流的反中民意與情緒。
蘇貞昌對中港澳的強硬作風，早於去年十月香港陳同佳案就展露無遺。蘇貞昌親上火線拋出照妖鏡的「魔鬼現形說」，暗指這是一齣香港特首林鄭月娥的脫逃劇本。
兩岸包機協商是透過「澳門模式」的民航小兩會，透過兩岸民航機關傳真文件方式進行溝通確認。台方政策決定是由英系人馬、行政院副院長陳其邁主持，召集陸委會、衛福部、交通部、內政部等相關部會以不定期開會方式決定包機事宜。
從這三批武漢包機的決策過程來看，從原本東航執飛到華航與東航共同執飛，再到華航兩架指定航班，台方以防疫優先為由，明顯拒絕東航於千里之外，也避開與北京過多交手，在台灣的鷹派聲量顯然高過鴿派。
此岸仇中情緒高漲，對岸也是瀰漫仇台氛圍。陳明通就證實，台灣政府二月初確實有準備一萬件防護服，希望讓東航第一批包機載運，協助中國大陸防疫，但東航當時以作業不及為由沒有收下。
對於中國民間仇台情緒，陳明通坦言：「不是好事，要努力降溫。」但關鍵是北京不願意面對中華民國存在，而且不放棄武力對台，這才是問題的本質。
許信良、洪奇昌籲降溫敵中情緒
國安會外圍組織亞太和平研究基金會試圖在兩岸間居中緩頰。該會董事長許信良、前海基會董事長洪奇昌日前皆表示，美國總統川普（Donald Trump）刺激中國稱為「中國病毒」，但後來不再使用，台灣既然希望參加國際組織，也應該尊重全球對於肺炎名稱的共識，不必要過度強調「武漢肺炎」。 （相關報導： 包機檢疫醫師結束隔離，曝「被關14天」心得：第六天會突然很焦慮很想曬太陽 ｜ 更多文章 ）
武漢四月八日解封，兩岸針對第四批武漢包機談判還在僵持，鷹派、鴿派也在角力。疫情對兩岸關係日後發展有何影響？疫情過後兩岸分工與產業鏈重組情況又如何？這是台灣要思考的議題。
