三月八日軍隊抵台後，陳儀一改之前和談的態度，先是退回處委會所提三十二條要求，接著於三月九日宣佈戒嚴。
不知身陷危機
就蔣渭川所記，三月九日早上十時已漸聽得槍聲，路上人稀、兵漸增，劉明（三月四日已遭警總吸收）主動來訪，希望由政建協會及其他二、三團體聯名取消三十二條要求。呂伯雄、廖進平、白成枝都在場，廖進平直言：「劉先生你有什麼資格講這樣的話，三十二條是不是你們一手包辦，為什麼要反對？」也酸他：「你一個人這樣焦急奔走是困難的，請問政治局長陳逸松走哪裡去，何不出來收拾呢？」
即便當時政建協會並不知道劉明、陳逸松已遭警總吸收，但從政建協會剛與陳儀談妥縣市長民選時間，改革初露曙光時，立即出現陳逸松借處委會省級化之需，設計新的組織大綱改變處委會的權力結構，將政建協會排除在外，此一歷程讓人充滿戒心。三十二條要求既是新常務委員通過的，何以現在回過頭來要找政建協會聯名取消呢？
蔣渭川的表達方式，總會留個協調空間，會談結束前，他跟劉明說：「我想你先去聯絡各團體看看要連名的團體怎樣，我們再做商量好不好？」
會談後，政建協會四人的意見仍是：「決定單獨聲明。」昨晚也已經寫就〈台灣省政治建設協會告同胞書〉，所堅持之處仍是與陳儀談妥的三大原則：長官公署改為省政府、縣市長定六月完成普選、各局處首長儘量任用本省人，並要求長官兌現承諾、剋速進行。此時因戒嚴交通不便，他們以電話託電台播出，並郵送報社，電台於下午五點廣播。
但政建協會的成員，顯然沒有任何危機意識，「廣播前後達十分鐘，文簡意長自以為必有反應可以挽回大局。」 沒想到晚飯後，槍聲四起更甚於白天。但此時他們四人的決議不是奔離逃避，而是決定三月十日上午拜訪陳儀，抗議他為何宣布戒嚴！
三月九日軍隊大舉抵台，晚上已陷恐怖世界，就法官吳鴻麒日記所記：「無線電、電火皆中斷，全不明市上消息，又夜無電火，難過恐怖之一夜。」為何會如此？其實這是準封鎖狀態，由於事件期間廣播電台是民間領袖呼召群眾集結的管道，所以當軍隊抵台後，第一時間就先切斷無線電。吳鴻麒甚至是隔天一早出門上班時，才知道已經宣佈戒嚴了。
陳儀，1945 年時任台灣省行政長官。（黨史館提供）
主幹遭密捕密裁─三月十日蔣渭川遭槍殺未果
三月十日早上蔣渭川、白成枝正在等通譯林梧村，準備去公署見陳儀。約十時左右，三民書局店員通報有武裝警察來叫門，蔣渭川讓店員開門請入，白成枝一聽是武裝警察，立刻從後門跑掉。進門的警察四人持長槍，一人帶短槍，厲聲說要找蔣渭川：「我們奉命來槍斃你！」持短槍者抓住蔣渭川，欲拖到店門外槍殺，蔣妻上前抓住開槍者的手，阻其開槍，持長槍者遂將蔣妻推開，以四支長槍交叉擋住她。持短槍者抓回蔣渭川的手後，朝他額頭連開二槍，結果皆未發火。 就在槍手鬆手整理槍枝時，蔣渭川急轉入屋由後門逃脫，行刺者開槍追捕時，蔣渭川六歲的幼子蔣松平被嚇哭，十七歲的女兒蔣巧雲急著保護、抱住弟弟時，兩人同被飛彈射入，子彈由巧雲後首部貫穿前首而出，餘力甚至潛入松平的胸部。
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三月十一日早上七點左右，三位穿私服的人到李仁貴家，將他強行帶走。 陳炘、黃朝生、陳屋也都在十一日起陸續遭便衣帶走，失去音訊。廖進平家亦有便衣及憲兵來，他雖已避居友人家，卻於十八日遭人密告被捕。 但他們究竟被送往何處？如何處置？是否被槍殺？若已被槍殺，遺體又在何處？家屬透過各種方式，始終無法得知。
事實上，此波秘密逮捕的行動，陳儀已擬就名單。今天大溪檔案中與二二八有關的第一份名單，出現在三月十一日，考據後發現就是遭秘密逮捕之後被密裁的名單，也就是至今不知遺體何在者。 此份名單由陳儀親筆書寫，共二十人，點名四位政建協會成員：廖進平、黃朝生、李仁貴、陳炘。 這份名單寫得匆忙，都先冠以「陰謀叛亂首要」，還來不及註記略歷及「罪跡」，但唯獨對這四位，一個個寫上「政治建設協會」，可見陳儀對此一政治團體的在意，且列為首要滅殺對象，甚至是以秘密逮捕之後暗殺的方式對待。
兩天後，此份二十人的名單才一一補上略歷及「罪跡」，以「辦理人犯姓名調查表」的名稱補送給蔣介石。其中施江南明明是醫生，但他的略歷卻僅註明「政治建設協會理事」，至於「罪跡」欄，陳儀列不出半條事證，只冠以「陰謀叛亂首要」。 與三月十一日名單有所不同的，還有在工整的表格之外，最後又以潦草字跡加入白成枝、蔣渭川、陳屋、林日高、王萬福（應是王萬得）、張晴川、呂伯雄七人。 除林日高外，其餘六人皆是政建協會的重要幹部，所以這新增的「人犯」名單幾乎是對著政建協會而來的。其中蔣渭川是事件期間代表政建協會與陳儀主談判的人，三月十日早上尚不在任何「人犯名單」上時，已險遭槍斃，此時才以「後記」的方式將他列入。而因林日高、王萬得在日本時代曾加入共產黨，於此已可嗅讀出當局入罪的劇本會往什麼方向編寫了。
三月十一日的這份密裁名單，包括媒體、反對黨、司法改革三大領域的領袖，列在最前面的是媒體領袖，接著就是政建協會，廖進平第一個遭點名。三月十三日陳儀列他的「罪跡」是：「向美國駐台領事館提出『將此次台灣二二八事變真相向國內及全世界報導並請主持公道』之辱國要求，及經常利用該協會定期講演會，發表抨擊政府、不滿現狀、挑撥官民之荒謬言論。」
此一「罪狀」其實正點出政建協會為台灣發聲的努力。訴求國際早是台灣民眾黨從日本時代便已開始的模式，當時即到國際法庭控告日本政府的鴉片政策，更何況此時二二八事件是規模如此巨大的反抗運動，如何訴諸國際，免讓台灣被封鎖在島內，任專制政權為所欲為，困局如何突破，政建協會沒放棄努力。廖進平的演講早自日本時代即風靡人心，戰後台灣陷入再被殖民的處境，他立於街頭的演講，已是畫家筆下捕捉的風景，而有張義雄繪製其演講的作品。
李仁貴則被冠以「提議將國軍武力完全解除，治安由偽處理委員會維持」。 治安由處委會處理，是三月三日與柯遠芬交涉的結果，但這時不過十天後，當局竟公然以此為罪狀。而處委會組織治安隊，更是許德輝所提議的，他是國防部保密局台灣站站長林頂立安排潛入政建協會的情治人員。這些罪名其實無一可成立，但就算有「罪跡」，陳儀甚至不敢以軍法或司法系統處置，而是以秘密逮捕之後暗殺的方式對待。其所欲滅殺的是政治建設協會此一政黨的主幹，因只有政黨能將人民集結起來，有運動、有組織、有方向，力足以要他交出政權。
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1947.03.11陳儀呈蔣介石的第一批名單，即是遭「密裁」者，為臺灣媒體、政治及司法改革領袖。（國史館 提供）
三月十三日解散各地政建協會
三月十三日陳儀不只加列六位政建協會要角為「人犯」，更以警備總部兼總司令的身分，令各縣市政府解散政建協會。文稱：「查台灣省政治建設協會此次趁二二八事件發生之時，竟敢公開征調日本時代退伍軍人及當地暴徒，背叛國家實屬不法已極，該會及各地分會著即解散、聽後查辦，希速遵辦具報。」 陳儀給各縣市政府的公文急急如律令，但還不放心，又在旁邊加上「並令憲兵封閉該會」。 這是動用軍事警察，而非一般警察了。
陳儀無法以政建協會與他會談政治改革的行動，將其入罪或解散，而是以「公開徵調日本時代退伍軍人及當地暴徒」的罪名，事實上指的就是組織「台灣省自治青年同盟」。蔣渭川幾次在電台廣播，號召青年組織起來，協助維持秩序，但當局卻往這是組織武裝力量的方向編寫罪名。
此時陳儀下令解散的政治性組織有兩個，一個是二二八事件處理委員會，另外一個就是政建協會。二二八處委會為臨時性組織，政建協會則為常設性。
在戰後普遍成立的各組織中，如三民主義青年團台灣區團、人民自由保障委員會等成員普遍參與二二八事件，個人雖因二二八遭逮捕或殉難，但並未強制其組織關閉或解散，唯獨對政建協會採取強制解散的措施。陳儀甚至在三月十五日再正式發文號令憲兵第四團，負責封閉政建協會各地分會， 憲兵第四團同時也是事件後負責逮捕人犯的機構。
此外另一個參與處委會的次團體，是由半山組成的「憲政協進會」，多人在三月六日被選為常務委員，如李萬居、連震東、黃國書，但他們顯然未受到如政建協會一般的對待，也不若其他參與處委會的成員遭到普遍的追捕及殺害。可發現「憲政協進會」在二二八事件前後，暗地做為政府的協力者，而此一角色也表現在事件後，他們成為以肅清奴化思想、奴化教育為號召之新文化運動委員會的骨幹。
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