教宗方濟各（Pope Francis）上任後首次的南美牧靈之旅，9日於玻利維亞出席第二屆人民運動世界大會（World Meeting of Popular Movement）時，對於教會在殖民時期冒犯美洲原住民的不當行為「請求原諒」，這也是首位教宗在正視歷史後做出的謙卑「告罪」（mea culpa）。
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— Khatumo Festival (@KhatumoFestival) 2015 7月 10日以父之名冒犯原住民
方濟各9日在波利維亞最大城市聖塔克魯茲（Santa Cruz），對著包括玻國首位原住民總統莫拉萊斯（Evo Morales）在內的原住民團體表示，拉丁美洲教堂的執事者過去曾打著天主名號冒犯美洲原住民，「我承認他們犯了罪」。
方濟各表示，如同前教宗聖若望保祿二世（St. John Paul II）一般，「我要謙卑的祈求原諒，不只是為了教會本身冒犯的行為，更為了在征服美洲過程中，神職人員曾犯下的過錯」，台下聽眾為此給與教宗熱烈掌聲。
前教宗聖若望保祿二世於1992年造訪多明尼加共和國時，為了當時500年前發現美洲新大陸後，美洲原住民所承受的痛楚與苦難表示歉意，方濟各更進一步，他在演說中指稱「深表悔憾」。
根據《美聯社》（AP）的報導，方濟各甚至脫稿演出，除了歷史記載許多神職人員嘗試以宗教力量對抗國家力量，其實也有許多勇於捍衛原住民的可歌可泣事蹟。
也在台下聆聽的原住民團體領袖查維茲（Adolfo Chavez）說，「我們接受這樣的道歉，從教宗方濟各嘴中說出，我們還能奢求什麼呢？」
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— Metro News Canada (@MetroNewsCanada) 2015 7月 10日為你好，還是強迫信教？
不過，方濟各這番道歉的言論卻也讓人憶及另外2起爭議。
18世紀的西班牙籍神父塞耶拉（Junipero Serra）於美國加州廣設教會，對推廣基督教貢獻良多，教廷曾計畫將塞耶拉封聖，但遭加州當地原住民群起抗議，認為塞耶拉強迫原住民信教，過程中不惜滅村，強烈反對塞耶拉的封聖。
教廷指稱，塞耶拉當時相當程度地避免了加州原住民遭到西班牙殖民者的迫害。
另外，前教宗本篤16世（Benedict XVI）2007年造訪巴西，說出美洲原住民於西班牙與葡萄牙殖民者到來後，便「靜默地盼望（silently longing）」成為基督徒，此番言論由於帶有上對下的歧視意味，使得本篤16世那一趟巴西之旅備受爭議。
本篤16世對巴西的主教表示，信仰上帝不等於否定原住民文化，或是強迫接受外來文化，但因反彈實在太大，本篤16世後來只好在離開巴西前承認，「推廣教義過程中總會伴隨陰影（shadows accompanied the work of evangelizing）」，然而，本篤16世始終堅不道歉。 （相關報導： 上任後首訪中南美洲 教宗關注環保與貧困 ｜ 更多文章 ）
