國發基金與國內多家創投公司，簽訂「委託經營契約」，國家級投資公司台杉投資，是少數依據「募資總額」計算投資管理費，不僅如此，馬政府時代「加強投資策略性製造業方案」等產業轉型基金，都有訂定「作業要點」與「投資案審理流程及管理原則」，除了有「投資審議會」與會前溝通會議二段審查機制外，工業局與國發會代表也參與每項投資案之投資審查，為了避免政府資金遭到濫用，還訂定「共同投資」機制，確保民間創投也參與投資。相較之下，台杉缺乏「共同投資」機制保護，如何避免普通合夥人「揮霍」基金資產，恐將是一大考驗。
台杉投資是2015年《有限合夥法》通過後，政府最大規模的創投基金委外經營案，相較於馬政府與扁政府時代的國發基金委外投資案，台杉最大的優勢，在於基金的運作上有高度的「彈性」。
以扁政府時代的「加強投資中小企業實施方案」為例，當時國發基金匡列100億元，由經濟部中小企業處委託民間創投投資中小企業，經濟部當時為建立監督機制，還訂定了《經濟部中小企業處辦理加強投資中小企業實施方案作業要點》；為協助鞏固中南美邦交，該作業要點還特別將國內中小企業「投資中南美友邦」之投資納入投資範圍。
「國發基金創投過去防弊徹底，台杉卻缺乏要求」
杜紫軍以馬政府加強投資策略性製造業，與加強投資策略性服務業2項方案為例，國發基金各匡列100億元，根據經濟部訂定的作業要點，受委託的民間創投，所有的投資案必須先送「投資審議會」會前溝通會，再送「投資審議會」審查。投資審議會分成兩塊，一塊是「產業投資委員會」，由主管產業的經濟部次長與產業科技專業相關部會次長級官員出席；另一塊則是「投資委員會」，由國發會副主委擔任主席，為確保審查的公正性，投票採全程密封投票方式進行。
國發基金過去的委外投資案，不僅在「防弊」機制上做到徹底，為了避免民間創投公司「揮霍」政府資金，也設計了共同投資模式，文化部的文化創意基金，至今仍然採取「民間創投投資1元，政府加碼3元」的模式。
杜紫軍表示，過去的產業轉型基金，不管是由經濟部中小企業處或工業局執行計畫，都有共同投資機制，以「加強投資中小企業實施方案」為例，中小企業處委託的7家民間創投，如果要動用國發基金1元，自己就要相對應拿出1/2元或1/3元；台杉投資的股東結構，絕大部分是官股與半官股，投資風險均由相關機構吸收，但對於投資管理機構卻缺乏「共同投資」的要求，未來有可能會發生「虧損，虧國家的」情況。
國發會：台杉在法律、程序、國際慣例上都沒有問題
對於外界質疑台杉的投資審查機制與收費標準，國發會官員強調，台杉公司為結合政府與民間資源，資金來源包含政府與民間金融機構等不同投資人，公司管理費係依投資標的階段別、產業別及地區別參酌國際市場行情決定，收費標準符合目前一般創業投資事業商業慣例。 （相關報導： 台版淡馬錫、鐽震案再現？台杉1年收取2.5億管理費，真能帶動台灣產業轉型？ ｜ 更多文章 ）
國發基金官員強調，創投基金管理費依據國際慣例，大約為基金規模的2-3%左右，台杉基金收取2.5%管理費尚屬合理。至於台杉基金是政府委託民間創投案中，少數以「募資總額」計算管理費者，官員強調，「國外都是用承諾投資金額計算管理費，台灣創投基金先前因為係按照《公司法》設立，必須按實收資本額收費，台杉則是參考美國創投規定，改採募資總額收費。」
