在台的美軍顧問團有一份1951年11月9日的有關國府海軍的機密報告，這份報告由美軍顧問團海軍組組長貝額力（Beyerly）撰寫，他在11月2日與桂永清會面，他說，政戰這類爭議的問題，在華府引起了很不好的看法。桂永清希望他向蔣中正傳達這些看法，因為沒有人願意對蔣中正說實話。貝額力後來在11月8日與蔣中正在高雄西子灣會面，貝額力向蔣中正建議海軍的艦艇單位或者陸岸單位的政戰人員，他們所執行的任務，應該由合格的海軍軍官取代。貝額力說，蔣中正似乎接受了這個看法，指示桂永清與蔣經國研究這件事情。桂永清對貝額力說，貝額力對蔣中正提到許多事情，是以前沒人敢跟蔣中正說的，連行政院長也沒辦法向貝額力這樣，對蔣中正提出看法。貝額力建議，美軍顧問團這時應該與蔣經國合作調整總政治部。
中情局在1951年10月27日有一份標題為「蔣中正與美軍顧問團團長蔡斯為了蔣中正兒子的地位引發衝突」的機密情報文件，這份文件討論到蔣經國與蔣緯國兩人，其中有關蔣經國的部分，蔡斯認為，國防部應該對總政治部有實際的控制。蔡斯反對政治部的理由，主要是認為這是一個密勤組織，而且是不民主的。但是蔣經國卻認為，政治部對部隊的士氣有非常大的效果，是不可或缺的。
孫立人也加入這場中美雙方對於軍中政戰制度的爭論，孫立人認同蔡斯的看法，國府將領站在美國那方，反對蔣經國，這又讓國府遷台後的政治情勢更加敏感。中情局密件提到，是孫立人敦促蔡斯去找蔣中正討論這件事情。
桂永清、孫立人都對軍中的政戰制度有意見，引起美方的重視，這份10月27日的中情局密件也提到蔣經國的不滿，蔣經國認為如果他的背景不是曾經居住在蘇聯14年，而是有美國的背景，他推動的政治教育可能會受到讚賞，而不是貶損為是共黨的模仿者。他在軍中推動的計畫是教育官兵為何而戰。
國府內部有許多對政戰制度的不滿，幾乎到了政爭的地步，甚至蔣中正身邊的宋美齡都向美方表示不滿意見。中情局1951年12月12日密件指出，宋美齡批評蔣經國的權力，蔣經國已經實質地控制了國府，宋美齡指控蔣經國發動對美國與美軍顧問團有敵意的宣傳，蔣經國為了自己的目的，希望控制美國援助，並且破壞她與大陸敵後游擊隊的聯繫，以便蔣經國可以控制這些行動。
除了中情局密切注意國府內部為了軍中政戰制度引發將領之間對蔣經國的不滿，美國國務院1951年10月5日有一份列為極機密（Top Secret）的檔案，是由主管中國經濟事務官員巴奈特寫給遠東事務助理國務卿魯斯克的備忘錄。巴奈特剛剛從台灣視察回到華府，他在這份備忘錄表示，美國對於不讓共黨控制台灣是享有利益的，部分是出於對台灣島上的人民的關愛，另外就是台灣作為美軍海軍基地與空軍基地的價值，更重要的是，台灣的存在，對於蘇聯支配的中共所控制的中國大陸，會造成困擾與心理上的破壞因素。 （相關報導： 高靖觀點：蔣經國日記─死後火葬．骨灰拋海．不要鋪張儀式 ｜ 更多文章 ）
巴奈特建議美方必須要求蔣中正同意，美軍顧問團對於軍事預算的大小與特性，可以擁有否決權，並且在所有的軍事支出項目，不論經費是來自於美國或者中國人自己的錢，也都擁有否決權。他認為，只有經過軍事協助作為槓桿，台灣所需要完成的軍事經濟及社會改革，才能夠完成。美國這種高姿態，在國府內部難免引起不滿，尤其是主張擁有准駁國府經費使用的權力，更是有侵犯中華民國政府的嫌疑。
