中華民國政府在內戰失敗後，1949年12月撤退台灣，朝不保夕，朝鮮半島突然爆發韓戰，為了穩定台海局勢，美援開始來到台灣，蔣經國1950年接任國防部政治部後，權勢擴大，1951年政治部改稱總政治部。隨著政戰人員在部隊的增加，蔣經國影響力的擴大，這一年引發了國府內外反對總政治部的政爭，牽連對象包括陸軍總司令孫立人、海軍總司令桂永清，他們都為了反對部隊設有政戰人員，透過美軍顧問團向蔣中正總統施加政治壓力，甚至美國中央情報局的密件都顯示宋美齡也不滿蔣經國，指控蔣經國透過總政治部控制政府。
蔣經國在各方壓力下，對於推行軍中政戰制度有所妥協，但從後來的政局發展，也可看出蔣經國反撲的端倪，先是海軍內部與桂永清有關親人遭到政戰人員整肅，桂永清自己也在1952年調整職位，轉任總統府參軍長。孫立人因為背後有美國大使館撐腰，國府投鼠忌器，1954年先將孫立人的陸軍總司令職務交給別人，拔除他的兵權，將孫立人調為總統府參軍長，中美共同防禦條約簽訂後，國府不在需要顧慮美國態度，隨即軟禁孫立人，並清除軍中與孫立人有關成員。
宋美齡不滿蔣經國，實因爭奪控制對美關係，兩人雖然表面上維持一定關係，但對於宋美齡透過孔家子女在美國從事國會遊說工作，蔣經國始終有意見，直到擔任行政院長後，就開始設法將對美外交主導權，從宋美齡與孔家手上奪回，建立他自己可以指揮的對美外交系統。
蔣經國接任國防部政治部主任，這是蔣中正在台復行視事後，蔣經國在台灣當局之中第一個正式職務，蔣經國也逐步在台灣累積實力，蔣經國積極推動軍中的政戰制度，卻引起軍中反彈。一份1951年7月3日的中情局機密文件分析當時國府軍隊的士氣問題，當時國府軍隊的自殺與逃兵造成很嚴重的問題，歸咎原因是因為宣傳反攻大陸，引起官兵思鄉情切。感染疾病，尤其是肺結核患病增加。被當成苦力。害怕蔣經國的政戰人員打小報告。
這份中情局的報告提到，當時海軍的油輪往來台灣與日本之間，過去四個月以來，這艘船上有四位政戰官，在羅經旁邊總是有一位政戰官監視著，除了艦長以外，另外派有一位替補艦長，海軍也派遣許多艦長接受三個月到四個月的政治課程。大約三個月前，蔣經國派遣政戰人員上船，但是桂永清強烈反對。
中情局分析，國府部隊的政戰制度，過去也曾經存在，但在蔣經國之前，政戰人員並沒有這樣大的權力，也沒有引起部隊那樣大的恐懼，蔣經國是為了控制部隊當中可能的叛逃者，而在這些過程當中，造成了許多相關部隊日漸增加的不滿情緒。 （相關報導： 高靖觀點：蔣經國日記─死後火葬．骨灰拋海．不要鋪張儀式 ｜ 更多文章 ）
另一份1951年7月25日的中情局密件提到，蔣中正在7月15日解除了13位海軍軍官的職務，因為他們被指控組織派系。這件事情還是由蔣經國及時通知桂永清，希望桂永清自己宣布解除這些人的職務，以保留桂永清自己的顏面。這些遭到處分的軍官包括桂永清的姪子與姻親，但最後因為蔣經國的政戰官沒有辦法證明對這些人的指控，這些軍官沒有被起訴。中情局分析，蔣中正害怕部隊向中共投誠，或者倒向第三勢力，造成了蔣經國的政戰官權力擴大，這起事件也是第一起報告讓人感覺蔣經國擁有毫無前例的，與統帥一樣大的權力。
