拙文〈大學校長接受教師的評鑑此其時〉刊出後，謬得各方學者先進紛紛表示支持，均認為台灣高教評鑑的發展該當進入此一階段了。但是，也如同敝文所預言，此一「校長評鑑」趨勢必引發當前各公私立大學校長們的反駁。
例如，10月16日《聯合報》〈清大幫校長政績打分數，恐寒蟬效應讓校長不敢有積極作為？〉的調查訪問中，就有一名私立科大校長表示：大學的校務複雜且標榜學術自由，任何的校務推動很難只看當年度或當下的表現，就能論定其滿意度，因此沒必要進行「校長政績意見徵詢」的調查。
另有一名大學校長則以國際大學的標準為例，認為大學校長的政績只有3個指標：募款、招生和治理，而所謂「政績」只是內務，僅屬治理項下之一環，用來評鑑教務長尚可，但不能用來評鑑校長。
甚至就連長期以來都會辦理「校長政績意見徵詢」的清華大學（這是國內罕見會在校長任期過半後進行的政績調查，主要目的是為了校長任期後半提供意見參考，可調整領導校務運作），今年5月校務會議決議，未來校長政績意見徵詢，將修正為僅「提供校長參酌」而勿須再向校務會議報告。幾乎各大學的主政者都一致認為不應對校長進行評鑑，原因就是擔憂恐對校長產生「寒蟬效應」，反致校長不敢積極作為。
錯把大學校長之職視為企業CEO
上述幾位校長意見之謬誤，其關鍵在於錯把大學當成企業在經營、且又把大學校長之職視為企業CEO之誤，故而才會有上述「事權統一、方便行政」之說。
眾所周知，大學乃學術自由、教學自主之殿堂，為的是推動人類文明之演進、奠定社會變遷之基石、培育萬千學子之搖籃，又豈是僅僅追求招生、募款與經營等短視近利之手段乎？
更不用提，在各公私立大學的校長們為阻「校長評鑑」之風潮，而想出的種種邏輯荒謬的悖論，諸如：為恐造成寒蟬效應而令校長不敢有積極作為，那麼又為何在校內大力推動教師評鑑？難道同樣的效應就不會發生在大學教師的身上嗎？為一己之私而行雙重標準之實，不言而喻啊。
這些年來台灣各大學的行政擴權情況日益嚴重囂張，原本還稍忌憚教育部（畢竟教育部長期以來掌控著教育資源的分配大權）。但近年來因為少子化的生存競爭，一些大學開始無所不用其極地在這個招生戰國時期大耍花樣。一開始教育部還會約束干涉，但後來不但教育部逐漸見怪不怪地怠忽職守，且各大學也開始發覺高舉「大學自治」的保護傘，可以有效抵制教育部的裁罰，甚至對校內的教職員生行使不當的法規約制，造成學生的受教權被剝奪、教職員的工作權被迫害等各種不法情事不斷發生。
至於教職員生的行政或法律訴訟時，各大學早就抱定「反正輸了也沒損失，贏了就算賺到了」的心態，說穿了，就是當前各大學的行政主政者根本不在意學生、教師和職員的權益。這就是大學校園裡行政權力日益擴張的現象，也是大學校長為什麼必須接受評鑑的原因。 （相關報導： 謝青龍觀點：疫情延燒下系所評鑑的非迫切性 ｜ 更多文章 ）
《大學法》保障的「大學自治」究竟為何？
但是，在上述的大學行政擴張趨勢中，有一個值得注意的矛盾現象，那就是現在各大學常常高舉「大學自治」的盾牌抵制教育部的裁罰。《大學法》第1條所揭櫫的「大學以研究學術，培育人才，提昇文化，服務社會，促進國家發展為宗旨。大學應受學術自由之保障，並在法律規定範圍內，享有自治權。」這裡所要保障的「大學自治」，究竟指的是以大學校長為首的行政團隊？還是大學校園裡的所有師生及其所進行的學術研究與教學內容？
