5月本土疫情爆發，國內簡訊實聯制已送出23億則簡訊，儘管當時號稱為全免費，不過今（12）日卻傳出當初編列的3億元預算已快燒光，國家通訊傳播委員會（NCC）還請求業者「共體時艱」。對此，指揮中心也做出說明，表示簡訊實聯制有助釐清接觸者足跡，基於疫調所需，相關費用仍由政府支付。
民眾黨立委高虹安12日在立院質詢時，提及政府針對簡訊實聯制編列3億元預算，以單則簡訊0.1元計算，總計可發送30億則簡訊，但如今已發送23億則簡訊，預算用罄後簡訊實聯制如何運作？NCC主委陳耀祥則回應，將和電信業者協調「共體時艱」，並澄清並沒有簡訊0.1元的問題，因為成本費用是級距式，盼能以現有的3億元預算維持到最後。
對此，指揮中心副指揮官陳宗彥則在疫情記者會上說明，簡訊實聯制有助第一線疫調，快速了解接觸者與確診者足跡；至於現有簡訊費用預算若用罄，是否會再編預算、或改由民眾付費、甚至取消實聯制，陳宗彥則沒有正面回答，僅強調簡訊實聯制都是疫調所需，「費用上還是由政府支付相關簡訊費用。」
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