珍愛藻礁公投連署門檻過關，儘管先前曾傳出農委會主委陳吉仲將會見環團，但環團方面7日凌晨突宣布喊卡，使當初力促雙方會面溝通的台灣公民參與協會理事長何宗勳聲明遺憾，宣布退出藻礁公投事務，外界則解讀這是環團內部鬥爭。對此，公投領銜人潘忠政認為「沒什麼好鬥的」，對於何宗勳的退出他表達遺憾，他也歡迎何隨時歸隊關注藻礁議題。
根據《自由時報》報導，針對珍愛藻礁公投決策委員會決議拒見陳吉仲，何宗勳宣布退出決策委員會、未來也不再參與珍愛藻礁公投相關事務。對此，潘忠政表示，何宗勳有很多社運經驗，這次公投何也是倡議者之一、主動牽線與政府會談，提出有前瞻性且立即有效的搶救方法，環團起初感到猶豫，後來大家也覺得要搶救藻礁應該要馬上投入才對，很感謝何提出這樣的意見。
潘忠政指出，何宗勳透過媒體宣傳公投、讓藻礁熱度受到關注，這次何聯繫陳吉仲也有徵詢他的意見。潘忠政說，外界有被摸頭或是撤案的擔心很正常，為避免外界如此疑慮，造成未來活動的困擾，所以最後夥伴討論決議，認為在連署書18日上午10點送件中選會後再來和政府對談也不遲。
潘忠政強調，藻礁議題可以繼續溝通，何宗勳雖退出決策運作，但環團隨時都歡迎他回來，目前也仍由舊的決策小組成員決策，預計8日過後才會籌組新的決策小組，因為已陸續有新的團體加入，還是希望有更多元的聲音被聽見。
