因此為了彰顯醫事人員之屬性，營養師公會及學會開始力推從嚴辦理營養師考試，2003年4月本考試規則修正，刪除普通科目國文及憲法，另增訂實習認定標準，實習共分四個階段，第一階段針對2001年度及之前應屆畢業者適用，以課堂外實習為限，應考人出具登錄有實習學分及成績之學校成績單即可。第二、第三階段，則限制在醫院、學校、工廠、機關團體等場所，在領有執業執照之營養師指導下，從事膳食供應與管理、臨床營養、社區營養等業務方可。第四階段則自2015年度及之後應屆畢業者適用，其實習學分/時數及學習活動均有所提高。另2011年12月考試規則再度修正，主要是針對應考資格第二款以7科20學分資格報考者，採落日條款方式，限於2017年12月31日以前，得應本考試。由於營養師考試已辦理甚久，營養師公會及學會參與人數及影響力，均較過去大為增加；加上考選機關為了避免會中發生爭議，出席產官學各界以營養專業為主，食品背景者甚少；最後因為還有6年緩衝，影響層面不是立即就會發生，所以食品系科師生也無大動作反彈。直到邁入2017年以後，因為緩衝期即將屆至，反對聲浪遂逐漸浮現。
營養與食品專業各有立論，一時真理難明
面對當前情勢發展，營養與食品兩種不同的專業背景各有其主張立論。營養系所（包括公會學會）認為營養師既然是醫事人員，其執行業務又涉及人民身體健康與安全，因此應該從嚴規範應考資格，並比照其他醫事人員，回歸單一系科或至少主要營養系科方能應考，而不應再走回頭路，又讓一堆相關系科修習部分營養課程加上鬆散的實習，即可報考並取得營養師資格。另外衛生福利部自2008年5月發布食品安全管制系統（HACCP），其後並提昇位階為準則，其中規定食品業者實施食品安全管制系統應設立管制小組，其成員至少一人應具備食品技師證書，並自2012年5月實施；實施後約需1,500名食品技師。所以自2011年起，考選部辦理食品技師高考每年兩次，以加速補足不足之人力。因此食品系科出路已經大有改善，故營養與食品兩種不同專業領域，終須分道揚鑣。
但食品相關系所則認為營養專業早期與食品或家政密不可分，在沒有醫院營養師之前，病患飲食問題長期係由護理人員負責；也因此營養師應考資格，長久以來均允許食品加工、食品營養、食品工業、食品工程、水產製造、水產食品科學、食品衛生、保健營養、水產加工、食品技術等食品相關系科報考，更有7科20學分彈性規定廣納各方人才，人才來源呈現多元化，對營養師的未來發展，勿寧說是好的。最後營養師的執業場所未必是醫療院所，亦有可能在對特定群體營養需求所為之飲食設計及其膳食製備、供應之營養監督；餐盒工廠、食品工廠等之食品衛生安全管理及監督；甚至高級中等以下學校，班級數在40班以上者，應至少置營養師1人，各縣市主管機關，應置營養師若干人。以上諸多工作場域及工作內涵，食品科系出身應試通過擔任營養師誰曰不宜？故營養師醫事人員化，反而不利優秀人才之引進。
