國安會祕書長金溥聰就任後，已著手整頓國安系統，他私下向幕僚表示，國安系統調整完畢後，還會依序針對軍警系統做全盤的檢討。
據內部指出，金溥聰對前國安局長蔡得勝在他一上任秘書長時，就頻頻對外放話要請辭一事頗為不滿，蔡得勝雖然有放話但卻從未有真正的辭職動作，直到4月下旬學運事件告一段落，金約見蔡得勝首度談及蔡的去留，金劈頭就問蔡，外面流傳你要辭職的話，是不是你自己放的！金突如其來的逼問，讓蔡一時無法應對，只好硬著頭皮回答是，金就順著蔡的意思，既然去意堅定那就依照蔡的意願，但是金也叮囑蔡不得再對外放請辭的消息，過一段時間後由國安會統一對外發布。
同樣的在調查局長人事安排上，金溥聰拔擢洗錢防制處長汪中一出任，等於從處長3級跳，跌破調查局內外的眼鏡，據內部透露，金溥聰對調查局長人事安排，最主要的考量是，前局長王福林、副局長及主秘等調查局巨頭，與立法院長王金平過從太密，調查局的立場至少必須拉回中立的態度，自汪中一接任後，調查局與王金平的餐宴就大大減少，連固定3節的聯誼，今年端午節就沒有舉辦，汪中一與王金平沒有淵源，正是他雀屏中選的主因。
金溥聰在私下與幕僚交換意見時表示，過去，馬總統對於國安情治系統疏於經營，造成黨內其他派系甚至反對黨，有機會介入情治系統拉攏結交，經過整頓後，至少，這些系統在政治上要傾向中立，不要介入黨內派系鬥爭，而他接任秘書長後也會透過情治系統，張開眼睛看，打開耳朵聽，張開嘴巴講，但不會伸出手去干預政治事件。
