菅義偉是在9月25日與習近平通電話，然後才公布王毅訪日。期間還發生兩段插曲：一個是日本前首相森喜朗9月18日率團訪台，出席前總統李登輝的告別追思禮拜時，他轉述日本新首相菅義偉盼與蔡英文總統通話。這段話驚動了中國，中國外交部發言人汪文彬9月20日聲稱，日方明確表示「媒體報導的事情絕對不會發生」。日本政府官房長官加藤勝信則稱目前無此計畫。
另一個是日本前首相安倍晉三在9月19日上午參拜了位於東京的靖國神社，中國外交部沒有太多批評。菅義偉9月25日與習近平通電話時，習近平丟出胡蘿蔔，全力支持明年的日本東京奧運。菅義偉則希望簽署《區域全面經濟夥伴關係協定》（RCEP），加快推動中日韓自由貿易區談判。
