立法院將召開臨時會中強制通過「農田水利法」，作為農田水利會改制為公務機關的基本法。並趕著要在10月1日正式掛牌。
到底這次改制的理由是什麼？可以從106/11/9行政院第3575次會議審查「農田水利會組織通則」修正案會議，所記載改制的理由是：「1、 因應氣候變遷導致之糧食安全挑戰及社會、經濟變遷；2、 改善農田水利會會長及會務委員直選後所衍生之地方派系紛爭等情況；3、 強化農業水資源利用、 擴大對農民服務範圍。4、 強化組織專業經營。」其實1、3、4的理由都不足以構成改制的必要性，真正的關鍵就是2，就是地方選舉造成的地方派系問題，也就是政黨的選舉政治競爭考量才是關鍵。不過為政黨政治鬥爭的改制是不足以治國的。
其實「參與式灌溉管理」這種最基層的草根民主，正是聯合國國際農糧組織長期推動的比較進步有效率的制度，世界先進國家美、日、英、法、德、西、韓都採取這種制度，而台灣有幸我們現行的農田水利會制度就是一種令人稱羨的「參與式灌溉管理」的制度。小英政府為了選舉政治鬥爭考量，而寧可消滅一個百年基層草根民主的組織，並沒收水利會上兆元以上的財產，其實是嚴重違憲而且也是大開民主的歷史倒車。
農田水利法既然被定位農田水利會改制為公務機關的基本法，對於改制相關法律問題，應該明確規範，可是綜觀整部法案，立法品質非常粗糙、模糊，而且與現行水利法、農田水利會組織通則相關規定衝突，並且與「權利剝奪法定主義」之原則相違背。諸説明如下：
一、農田水利會改制為公務機關，政府已經宣傳了三年了，而作為改制基本法的農田水利法，竟然法無明文？而既然法無明文，能否改制為公務機關？整部農田水利法除了第1條、第23條提到「改制」兩字外，並無任何一個條文明文規定「農田水利會改制為公務機關」。
而且「改制」兩字也沒有立法定義，僅憑「改制」兩字，是否就可以解釋為：當然改制為「公務機關」？其實改制有多種可能性，例如直選會長改為由會務委員間接選舉；抑或部分會務委員改為由專家遴選；改為公務機關祇是眾多選項之一。
政府要改為公務機關，如此重大組織變革，理應由法律明文規定才合理，而且也應該明定改為那一個公務機關。此從農委會於民國84年4月8日函送行政院之「農田水利會改制條例草案」（本案後來行政院並沒有推動）之第1、3、4條均明文規定「農田水利會改制為公務機關」並明文規定「農田水利會改制為農田水利管理處」。所以農田水利法僅提到「改制」，並未明確規定「改制為公務機關」，而且也沒有明定改為那一個機關，能否據以改制為公務機關，的確是一個爭議的課題？立法院沒有提出明確要求，也是立法院立委諸公失職。
二、改制的定義是什麼？公法人可以改制為公務機關嗎？
按農田水利會是具有社團法人性質的公法人，是一個有特定會員的而社團法人，為具有獨立的法律人格，得為權利義務主體。因為被賦予達成水利灌溉的公共任務，而被賦予與此相關的公權力，而被法律賦予公法人的地位。至於公務機關則不具有獨立的法律人格者，而是公法人所屬的公務機關。兩者是處於一個不相當的概念。例如農委會是國家法人的公務機關，而農委會本身並不是獨立的法人。鄉鎮公所是鄉鎮法人的公務機關，而不是鄉鎮法人本身。縱使農委會或鄉鎮公所以公務機關的名義可以作為訴訟當事人的地位，但也祇是代表「國家法人」或「鄉鎮法人」行使權利，其權利主體仍歸屬於「國家法人」或「鄉鎮法人」。
所以一個「公法人」「改制」為「公務機關」，是完全不相當的概念；「法人」永遠不可能直接「改制為另一個公法人的公務機關」。
2、所謂水利會改制公務機關，其實至少包容以下二項公法行為結合而成的結果（1）強制水利會解散、廢止，消滅其公法人之資格；（2）將水利會的「財產、業務、人員」強制移轉予政府指派之「新的業務經營管理公務機關」。
三、新法並未規定農田水利會強制解散或廢止，能否消滅其法人資格？所以農田水利會的法人資格是否消失？即有爭議！
水利會改制為公務機關，其實包容二項公法行為結合而成：
2、強制將水利會之財產、業務、人力移轉予政府新的公務機關。
但本法對於農田水利會強制解散或廢止均未規定。但依水利法第12條、農田水利會組織通則第一條規定水利會仍然是公法人。按理法人未經依法解散、清算程序，仍具有法人的資格，仍是權利義務的主體。
而且「解散」或「廢止」是對人民權利的重大處罰行為，依「處罰法定主義」原則，農田水利法既無明文規定水利會解散、廢止、清算，所以水利會的法人資格，照理應繼續存在。但因為農田水利會組織通則第40條剝奪水利會會員的選舉、被選舉權，行水利會實質陷於腦死狀態。而主管機關農委會則球員兼裁判，早已將水利會視為10月1日到了就自動消滅。所以水利會是否存在或消滅，即成為爭議！
依據農田水利會組織通則第九條規定：「農田水利會設立後，遇有自然環境變更或水資源規劃變更時，主管機關得依職權或經農田水利會之申請，對各該農田水利會及其事業區域為合併、分立、變更或廢止之決定。
農田水利會為前項之申請時，須經會務委員會之決議及會員過半數之同意簽署行之。」而依據人民團體法第59條規定：「人民團體有左列情事之一者，應予解散：一、經主管機關廢止許可者。二、破產者。三、合併或分立者。四、限期整理未如期完成者。五、會員（會員代表）大會決議解散者。」
民法第57條：「社團得隨時以全體社員三分二以上之可決解散之。」民法第58條：「社團之事務，無從依章程所定進行時，法院得因主管機關、檢察官或利害關係人之聲請解散之。」
農田水利會是社團法人，雖然為了完善農田水利灌溉的必要，被賦予部份特定公權力，而成為「公法人」，但其社團法人的本質並未改變，所以其解散或廢止，依農田水利會組織通則第九條需經會員過半數同意簽署才可以。而就算主管機關要依職權廢止，也必須在如下的前提：「遇有自然環境變更或水資源規劃變更時」，但主管機關迄今並未依本條提出主張。主管機關以農田水利法「改制」兩字， 自動解散廢止消滅水利會，完全不顧農田水利會組織通則此一規定，而造成違法及違憲之爭議。
依據農田水利法第23條第一項規定：「農田水利會改制後資產及負債由國家概括承受，並納入依前條第一項規定設置之農田水利事業作業基金管理。」同條第六項「農田水利會改制後，因地籍整理而發現之原屬農田水利會之土地，由該管直轄市或縣（市）地政機關逕為登記，其所有權人欄註明為國有，管理機關由主管機關指定所屬機關為之。」
農田水利會是一個獨立法律人格的法人，不能僅因為政府賦予部分公權力而被定位為「公法人」，即認為其財產為「公有財產」即為國家財產。有關農田水利會所有財產不宜視為國家財產，請參考行政院農委會林國華科長以農委會名義所發表的「農田水利會所有財產來源沿革之探討」（農田水利雜誌第63卷1期第6-18頁）。其中特別討論：1、日本土地改良區與台灣農田水利會組織屬性相當，其財產屬於私有。2、農田水利會所有土地，非屬土地法第四條及土地稅第七條所稱之公有土地。（土地法第四條「本法所稱公有土地，為國有土地、直轄市有土地、縣（市）有土地或鄉（鎮、市）有土地。3、各級政府機關使用農田水利會土地應依法協議價購或徵收。
因而農田水利法第23條規定，在未經依法徵收程序，沒有任何對價關係下，即將17個農田水利會的財產（不論是現金、存款、股票、有價證券、動產或不動產）強制移轉予國家承受。此一規定形同「國家沒收人民財產」，嚴重違反憲法第15條之規定。
六、沒有明文規定，可以強制農田水利會停止其業務經營，而將業務交由主管機關接管嗎？
依據農田水利法第18條規定：「主管機關為辦理農田水利事業區域之灌溉管理，得於所屬機關內設置灌溉管理組織，辦理下列事項：一、農田水利用水調配及管理。二、灌溉用水秩序維護及水利小組業務輔導。三、農田水利設施興建、管理、改善及維護。四、農田水利設施災害預防及搶救。五、灌溉管理組織內專任職員（以下簡稱農田水利事業人員）之人事管理。六、農田水利事業作業基金所屬資產管理及收益。⋯⋯」。亦即主管機關為辦理農田水利灌溉業務得設置「灌溉管理組織」。
1、 但該法「並無明文規定」要求農田水利會將其業務移轉予主管機關。或結束其農田水利灌溉業務之經營，而移轉予主管機關經營。
2、 而依農田水利會組織通則第1條、第10條規定，農田水利灌溉業務及農田水利設施維護、管理、興建業務，農田水利會仍有繼續經營之權限。
3、 但依主管機關的行政簡報及農委會全球資訊網農田水利會改制升格專區及相關「改制」行政作業中，均僅憑「改制」兩字，即明確指向2020年10月1日改制為行政機關，而由主管機關所成立的機關來負責經營農田水利灌溉業務。問題是主管機關以農田水利法第一條、第18條作依據所作的解釋，顯與水利法第12條、農田水利會組織通則第1條、第10條所規定農田水利會之職掌任務相砥觸。
4、 而且「剝奪營業權」也是重大的處罰，應該依據「處罰法定主義」之原則，必須法有明文規定才可以剝奪農田水利會原有存在已經百年之久的業務經營權。
5、業務經營權一方面具有憲法第15條生存權、工作權、財產權的性質，也具有憲法第22條「其他自由及權利」之性質，剝奪業務經營權，也等於是侵犯憲法第15、22條的基本人權。
農田水利會「改制升格」公務機關，是農委會用國家預算來美化政府的「集權消滅草根民主」，來美化政府的「沒收水利會財產」。農田水利法這個改制基本法，訂的荒腔走板，其實目的就是為了蒙混過關。但改制升格騙得消滅水利會、沒收農民財產，剝奪農民水權，惡化灌溉環境，恐怕真正令人憂心的，就是劣化台灣的農業基礎環境。
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