2014年3月18日，太陽花學運爆發，因為佔領立法院的行為並未得到政府正面回應，部分抗議群眾於佔領立法院行動的第六天（2014年3月23日）晚間，進入行政院，並占領。此次行動，抗爭行為持續10小時，並爆發嚴重警民衝突。與318立法院案相同，太陽花「行政院案」也歷時三年冗長的審判程序，終於在2017年4月10日宣判。
本件起訴共有93位被告，法院判決，大部分被告部分無罪，或公訴不受理，僅8人構成妨害公務罪，3人因毀損公務員掌管物品罪被判有罪。分述如下：
陳建斌、黃國陽：因將搶奪鋁梯員警拉下台階。有期徒刑4個月，得易科罰金。
陳威丞：因有恐嚇員警行為。有期徒刑4個月，得易科罰金。
謝昇佑：因有明顯衝撞員警。有期徒刑4個月，得易科罰金。
許哲榕：因在會場製造危險紛爭、推拉員警。有期徒刑5個月，得易科罰金。
吳崇道、劉建明：因故意推打盾牌、推拉踢員警。有期徒刑3個月，得易科罰金。
林唐聿：因使用棉被以「蓋布袋」方式對待員警。有期徒刑4個月，得易科罰金。
吳濬彥：因為無積極推拉行為，僅因人群眾多而造成推擠。無罪。
許順治、李冠伶：因破壞鐵拒馬、鐵絲、鎖鏈、鎖頭。有期徒刑4個月，得易科罰金。
黃茂吉：因破壞行政院大門。有期徒刑5個月，得易科罰金。
起訴93人中，11人有罪
被起訴的93人中，大部分的被告，是因「進入行政院」而被依刑法§306「侵入住居」起訴。由於此法條屬刑法中的告訴乃論，故經行政院長林全撤告後，全部諭之不受理。
而《法操》多次臨庭，法院審理的重心，除了上述罪名外，還有「煽惑他人犯罪」、「加重竊盜罪」部分。而這兩部份，本次判決，均無罪。
「煽惑他人犯罪」部分，合議庭認為，以魏陽為首的8人（魏陽、陳廷豪、許立、江昺倫、林建興、許順治、劉敬文、柯廷諭），他們在當場所述，僅為個人不滿的言詞、希望可以提振士氣，在「主觀上」並「無」煽惑他人犯罪的「意圖」，獲判無罪。
「加重竊盜」部分，王晟亦、郭修豪，在進入行政院時，為防止員警使用催淚瓦斯，隨手拿了行政院的「濃煙逃生袋」以防身，但在被警方捉到時，立即直接交還，仍被檢察官依加重竊盜罪起訴（詳見：【1226 太陽花行政院案開庭實況】怕警方用催淚瓦斯才拿走濃煙逃生袋，就算是竊盜嗎？）。合議庭認為，被告拿濃煙逃生袋的行為，僅為「使用竊盜」，在主觀上，被告並「無」不法所有的意圖。獲判無罪。
太陽花「立法院」案和「行政院」案，判決結果大不同
2017年3月31日宣判的「太陽花立法院案」，因合議庭認為，佔領立法院的行為屬於「公民不服從」而全數無罪。本次行政院案的宣判，雖然法院所判的刑度不高，都屬於得易科罰金之刑罰範疇，但仍然被認為「有罪」，其中的差異，到底在哪裡呢？ （相關報導： 太陽花佔領政院案為什麼這11人有罪？因為他們對員警做了這些事… ｜ 更多文章 ）
首先，對於立委張慶忠以「30秒」，宣布完成《海峽兩岸服務貿易協議》委員會審查的行為是否違法，合議庭持保留態度。而合議庭對佔領行政院的行動，主要有以下幾個疑問：
