中央研究院成立將近九十年，法律上的定位迭經變遷。然而，今日國民黨籍立委呂學樟率司法及法制委員會考察中研院，痛責中研院身為「總統幕僚」，不應該放言批評總統，此則為九十年來未有之遭遇。以下幾點事實，或許可以幫助我們釐清，究竟立委所言是否於法有據？
第一、中央研究院成立時間早於〈中華民國憲法〉，更早於〈總統府組織法〉。在過去將近九十年的歷史當中，曾經分別隸屬於不同機關，並非始終隸屬於總統府。
依據1927年7月4日公布的〈中華民國大學院組織條例〉，中央研究院為中華民國大學院的附屬機關之一。後來，1928年4月10日公布的《修正國立中央研究院組織條例》，又將中研院改為直接隸屬於國民政府的獨立機關。
第二、1946年通過的中華民國憲法裡面並未規定中央研究院的法律地位。直到1948年5月1日公布的〈總統府組織法〉，才規定中央研究院隸屬於總統府。
但是這裡所謂的「隸屬」並非即謂中央研究院為總統府的幕僚單位。總統府的幕僚單位明定於第二條至第十四條，包括各局處室。至於中央研究院則揭載於第十七條，「中央研究院、國史館、國父陵園管理委員會隸屬於總統府，其組織均另以法律定之。」因此，其地位與執權是透過法律予以保障，並非總統所授與，也非總統府組織法所規定。
這種狀況就像是中央銀行隸屬於行政院，但我們不會說中央銀行是行政院的幕僚單位。或者，檢察總長由總統提名、立法院同意並任命，但我們也不會說檢察總長是總統的幕僚。
第三、中央研究院究竟具有何種法律地位，應該以〈中央研究院組織法〉為準。該法第二條規定：「中央研究院為中華民國學術研究最高機關，任務如下：
一、人文及科學研究。
二、指導、聯絡及獎勵學術研究。
三、培養高級學術研究人才。」
該法並沒有任何規定指出中央研究院為總統幕僚，應該提供總統建議。更沒有賦予總統任何職權可以指揮中央研究院。總統至多只能依據該法第三條，在中研院評議會所提名的三位候選人中遴選院長人選。
因此，從〈中央研究院組織法〉的規定來看，中央研究院是法定的學術研究機關，並非總統幕僚單位，至臻明確。
第四、司法院大法官曾經於第三八○號解釋賦予大學享有自治的制度性保障，中央研究院並非大學，是否也能夠享有學術自由的憲法保障？
其實，該號解釋文說明：「憲法第十一條關於講學自由之規定，係對學術自由之制度性保障；就大學教育而言，應包含研究自由、教學自由及學習自由等事項。」因此可見大法官並未排除大學以外的學術研究機構，享有同樣的制度性保障。中研院在組織法上就已經明定為「中華民國學術研究最高機關」，倘若未能享有憲法所保障的「學術自由」，而竟淪為立委口中的總統幕僚機關，憲法關於「學術自由」的規定又有何意義？
該號解釋將學術自由的保障範圍，講得很清楚：「免於國家權力干預之學術自由，首先表現於研究之自由與教學之自由，其保障範圍並應延伸至其他重要學術活動，舉凡與探討學問，發現真理有關者，諸如研究動機之形成，計畫之提出，研究人員之組成，預算之籌措分配，研究成果之發表，非但應受保障並得分享社會資源之供應。」
