立法院司法委員會召委、國民黨籍立委呂學樟12日認為中研院若成效不彰，可考慮廢除，且中研院部分研究所走偏了，更對部分學者挺學運不滿，中研院社會學研究所所長蕭新煌對呂的說法相當不以為然，直斥「無知」，他說，立委應該替人民表達民意，但為什麼國民黨的立委只聽從黨意？因此他認為，國民黨立委才是不務正業，他們才需要好好檢討，更遑論有什麼權力要把中研院廢掉了。
中研院政治研究所研究員林繼文則指出，立委質問學者的政治立場，這已違反言論自由和個人資料保護法，不同領域學者作研究，不可能一天到晚都在研究室內，必然要在外面跑，學者是否過度參與社會運動而影響學術研究，這是個人判斷與個人分際的問題，旁人無從判斷，但就從事社會科學研究領域的學者而言，本來就應該在社會中做學問。
另一中研院學者、近代史研究所副研究員陳儀深曾在學運後總統馬英九赴中研院演講時當場舉牌抗議，他對於呂學樟稱中研院隸屬總統府，總統是中研院老闆的說法，深不以為然。陳儀深說，從中研院成立至今的組織脈絡來看，原本中研院並不屬於總統府，1927年已有中華民國大學院組織條例，所以成立之初，中研院是大學院附屬機關，是屬於研究機關範圍，一直到1948年列入總統府組織法中，中研院才在行政組織上才隸屬總統府。
不過，陳儀深話鋒一轉說，中研院的任務在組織法中明訂是「中華民國學術研究最高機構」，因此中研院成立的目的和重點應是在最高學術研究機構，而非行政位階在總統府之下，學術研究自由才是中研院的核心，其中中研院學者關心社會事務，當然也是學術研究的範疇。他認為，如果中研院學者要受總統府、立法委員指揮，甚至要上班打卡，無疑是將中研院學者降格成一般行政、公務人員，這是曲解、故意矮化中研院。
陳儀深更強調，總統不是中研院的老闆，更不能指示學者們要研究什麼，不能研究什麼，這才是常態，而且古今中外的學生運動，參與者不可能只有學生， 還有教授、學者，這由來已久，1964年彭明敏教授發表自救宣言，正是由教授、學生共同參與；當年胡適之等自由派學者，也是和學生們站在一起，「有些人孤陋寡聞，才會把中研院學者當作公務員來要求」。
