立法院司法委員會12日安排考察中研院，遭中研院副研究員黃國昌認為是政治施壓的查勤。司委會輪值召委呂學樟表示，中研院隸屬於總統府，算是總統「幕僚」，在學運期間卻變成嗆聲部隊，對行政倫理、體制規範都是嚴重問題。呂也嗆聲：「若中研院的績效不彰，在檢討組織改造時可考慮廢除。」
呂學樟更點名黃國昌是副研究員，屬於廣義的公務人員，出勤紀錄應受管制，黃在學運期間不在崗位上，這需要檢討。
學運期間，有個別中研院副研究員力挺學運，學運後，馬英九總統到中研院演講也被舉牌抗議，引發藍營立委不滿，這2周也成為黨團幹部會議的熱門討論議題。
有資深藍委不滿說，中研院「一手拿錢、一手罵國民黨」，配合特定媒體「左手拿案，右手打國民黨」，讓外界認為國民黨很「肉腳」，不懂執政、不會利用資源。
呂學樟表示，中研院隸屬總統府下的單位，算是總統的「幕僚」，應該提供國家科學發展的建議與提醒，卻在學運期間變成「嗆聲」部隊，對行政倫理、體制規範都是嚴重問題。
呂學樟指出，中研院要求將職等調高，但整天不知在做什麼，中研院過去在自然科學領域上提供專業研究意見，但近期轉型變成著重在社會科學研究領域，完全看不出績效。
呂學樟指出，因應政府組織改造，中研院在許多方面都有擴編和改制的措施，包括從2009年至2014年，職員增加30多人，成長了百分之2，預算增加50多億元，當然要讓外界了解中研院的研究成果和績效。
呂學樟說，中研院領取國家公帑，若沒達到績效，研究員又無所事事，對國家是浪費，勢必要檢討，「若中研院的績效不彰，在檢討組織改造時，可考慮廢除，國家花錢養這些人幹嘛？公帑不能浪費！」
