台大教評會日前針對台大生化所教授郭明良團隊論文造假案做出懲處，其中懲處最重的是口腔生物科學研究所教授張正琪，沉默多時後，張正琪今（2）日召開記者會反擊，痛批教評會委員連論文「造假」的真正負責人都搞錯，調查及審議程序都荒腔走板，待正式收到校方公文後，將打行政訴訟捍衛學術尊嚴與名譽，同時她也駁斥網路的不實謠言，還稱是「有系統要羅織入罪」，絕對提告。
張正琪批教評會「指鹿為馬，連論文造假的真正負責人都搞不清楚」
去年底台大爆出台大生化所教授郭明良團隊有8人自2006年至2016年有多篇論文涉及造假，經過4個月的特別調查小組及台大教師評審委員會判定後，包括郭明良、張正琪等8位研究人員受到輕重不一的懲處，前兩人更是遭到解聘，其中，張正琪不僅是解聘，還遭撤銷教授證書，5年內不受理教授資格申請與5年後不得申請研究計畫補助，堪稱懲處最重的一位。
沉默多時的張正琪，今日選擇召開記者會，痛批教評會搞錯，竟「指鹿為馬」，連論文造假的真正負責人都搞不清楚，甚至還可能誤信「造假的人」的不實指控，還指控校方是要「實驗團隊所有人一起陪葬、祭旗的審議結果，來平息風暴，本人斷然無法接受」。
確定造假論文，張正琪:僅擔任英文潤飾
在台大教評會所認定「違反學術倫理」的四篇論文，包括JNCI 2006、CDD 2013、Oral Oncol 2013與最嚴重已遭撤搞的JBC 2008，前三篇張正琪都為第一作者，JBC則是第三作者，張正琪說明，JNCI 2006有2處圖檔重複套用，已於去年11月18日勘誤，並於同一勘誤啟事完成註記，並非抄襲；CDD 2013為台大指控有以不同實驗圖檔剪貼拼接，經她交付所有原始圖檔內，並沒有此一情形，國外學術網站PubPeer也刪除對該篇質疑，並無任何勘誤或造假撤搞。
第三篇Oral Oncol 2013為台大教評會質疑實驗結果、時序、圖檔資料均涉不實部分，張正琪也已經交付所有原始圖檔，「既無勘誤，也無造假、抄襲，何來涉及不實？」；至於 JBC 2008已被認定造假，張正琪也澄清最重要的作者序是通訊作者、第一作者、第二作者，她為第三作者只是負責英文潤飾，不曾操作實驗、製作或提供、發表及撰寫任何圖片或內容，也非指導教授，「處理內容明顯偏離事實」。
且對於遭撤搞的JBC 2008，張正琪更批，僅擔任英文潤飾第三作者的她，難道責任與懲處甚於第一、第二及其他所有作者嗎？
聽從校方要求不發言，網路傳言延燒數月
張正琪也爆出台大校方曾在去年11月11日將她叫去校長室，與會成員為校長楊泮池、副校長郭大維、主秘林達德與郭明良，當場包括楊泮池與林達德都要她閉嘴，從此不要對外發言，他們會負責處理，因此，張正琪一直忍耐，讓網路上的批評與指控延燒數個月，很多事無法親自說明，因此她親自決定站出來。 （相關報導： 反擊台大解聘 郭明良：絕無涉及造假，釐清真相比倉促懲處更負責任 ｜ 更多文章 ）
張正琪更批，若論文真有造假，目前遭判定的都是圖片出了問題，應該要去找圖片是誰做的、實驗是為執行，以及圖片是怎麼出現，她沒有經手圖片、也沒有做實驗，更不是指導教授。
