國防部中科院將於4月16日改制為行政法人「國家中山科學研究院」，因中科院轉型為行政法人是馬英九總統指示下完成，國防部特別安排馬總統近期視察中科院，並由新任的中科院長張冠群向馬總統簡報，中科院研發完成的「雲峰」中程飛彈，以及新型防空系統「勁弩專案」等武器裝備的進度現況，來爭取更多的經費投入研發國軍所需要的武器裝備。
新任中科院長 中程飛彈專家
據指出，馬總統執政後曾赴九鵬基地視察中程飛彈的試射，並批准同意研製與量產部署，雖然當時馬總統認為兩岸關係和緩，自製中程飛彈及雄二Ｅ巡弋飛彈，不一定會用到，但卻可備而不用，成為台灣有利籌碼，因此軍方規劃在2014年進行量產計劃；但隨著兩岸關係更緊密，「雲峰」中程飛彈被迫延後量產，因此軍方安排「雲峰」中程飛彈的簡報，似乎想提醒馬總統為國家安全利益，戰略性武器裝備的研發與量產是不能停滯。 據瞭解，將向馬總統簡報的中科院長張冠群，1月底才由中科院副院長升任，張冠群本身就是中科院二所出身，並具有博士學歷的科技軍官，長期參與研制代號「W99-擎天載具」，也就是「雲峰」中程飛彈的推進器部分，尤其在固態燃料的研制，更是張冠群的專業領域，因此軍方選定張冠群接任中科院長，改制成為行政法人後的院長，也說明對「雲峰」中程飛彈研製成功的肯定與支持，也讓馬總統更清楚瞭解「雲峰」中程飛彈是中科院的驕傲。 至於「勁弩專案」的新型防空系統，則是中科院科結合國造的「3D相列雷達」、「陸射劍二」和自製40快砲，目的是要形成一個具備區域防空能力、彈（飛彈）砲（快砲）合一的新型防空系統，並發展出陸射型與海射型兩系統，在研發進入最後階段，出現陸軍要求更改需求，主要是受到預算排擠效應，陸軍未來5年軍事投資預算大部分都給直升機，在預算短缺下，要求能改換價格較低的陸射劍一型飛彈的窘境，因此「勁弩專案」也是有爭取更多預算用意。
