曾偵辦扁案的特別偵查組將走入歷史，民進黨立委蔡易餘向行政院院長質詢時，指出特偵組掌權過大，又易有政治力介入疑慮，行政院應研擬提案解決特偵組組織爭議，而法務部已擬具說帖，將建請立法院修正《法院組織法》廢除特偵組。對此，檢察總長顏大和也說，「沒意見」。
原本被寄予重望，專辦高官的特偵組，卻屢遭外界質疑辦綠不辦藍，且美韓等國早因成效不佳，廢除特別偵查官制度，目前僅我國保有此制度。
蔡易餘書面質詢林全，指最高檢依法設立特偵組，但特偵組由檢察總長掌握人事權，又欠缺完整監督機制，致使特偵組掌權過大，且當時立法未考量《刑事訴訟法》正當程序，導致訴訟程序紊亂，易有政治力介入偵查的疑慮，因此建請行政院研擬法案，解決特偵組組織爭議。
《壹週刊》報導，邱太三回覆蔡易餘書面質詢時，主張廢除特偵組，提出五大理由：影響檢察機關內部監督機制；違反行政法上機關與職務不兩立原則；概括條款明訂特偵組事務管轄、違反法律明確性原則；檢察官據有司法屬性、無設置特偵組必要；違反再議程序及案件管考制度等。
對於解決特偵組組織爭議，法務部官員表示，法務部已擬具說帖，建請立法院修正法院組織法第63條之1，希望能促成特偵組退場，解決檢察組織疊床架屋情形，讓刑事訴訟程序運作回歸常軌。 （相關報導： 質疑敷衍吃案 本土社團痛批北檢、特偵組包庇馬英九 ｜ 更多文章 ）
對此，法務部政務次長陳明堂表示審慎處理中，檢察總長顏大和則回應，沒意見。
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