農委會明年10月將全面接管全台農田水利會，儘管七星、瑠公、桃園等水利會在都會區擁有大面積不動產，但亮麗資產的背後，卻也面臨長期無償占用農民土地的問題。根據農委會統計，全台17個農田水利會，自1953年起使用他人土地興建水路等水利設施，總計共24萬筆，總面積6170.90公頃；其中，有15萬筆、總面積2910.80公頃之土地屬於私有土地，水利會僅依據1953年省府頒布函示，無償使用迄今。未來水利會併入農委會後，水利會無償使用私人土地的爭議，恐將更形嚴重。
農田水利會作為台灣地方水利自治團體，其半官半民的性質，始終為外界所疑惑。司法院大法官會議曾經針對「石門農田水利會」徵收餘水使用費進行解釋，大法官會議指出，農田水利會係秉承國家推行農田水利事業之宗旨，依法律設立之公法人，依據1955年《水利法》之修正案，在法律授權範圍內享有自治之權限，其任務包括農田水利事業之興辦、改善、保養及管理、災害之預防及搶救等事項。
不過，農田水利會在協助國家興辦水利建設過程，曾經無償徵用大量農地。根據農田水利聯合會所做的研究，早期農業社會，農民為了便利農田灌溉，多半樂於提供土地作為圳路使用；國府來台初期，為了確保水利設施之土地使用，省政府在1953年5月29日函示，「各水利委員會自有或使用他人土地之水路照舊使用，土地所有權人不得藉口要求土地補償或予阻塞破壞。」《水利法》1955年修正，確立水利自治團體為公法人，協助政府興辦水利事業，讓水利會使用民間土地，間接取得的法源基礎。
不過，隨經濟快速發展，全台土地價格大幅飆漲，農田水利會僅憑藉著省府1953年函示，無償使用他人土地，對無償提供水利地使用之農民權益確有不公平之處。上述無償使用之水利用地，隨著都市發展，部分水利用地有些轉為區域排水、市區排水、防水防潮堤防、水防道路等用途使用，政府徵用後並未給予水利會補償金，水利會在此方面所遭受損失亦極可觀。
農委會要求「檢討」 農田水利會卻只能這麼做…
由於水利會「照舊使用」之水利用地，未支付土地所有權人合理補償，有違反《憲法》保障人民財產權之虞，監察院在1999年發函農委會指陳相關缺失，農委會據此發函各水利會「農田水利會照舊使用私人土地作為水利設施檢討改進報告」，要求各水利會就「照舊使用」原提供為水利使用之私人土地，「應於各水利設施辦理更新改善時，辦理價購或徵收」，價購或徵收價格以公告現值加4成，免徵土增稅；農委會同時要求，水利會應於每年「財產處分」專款提撥一定比例，依水源地、幹支分線、中小給水路等優先順序，辦理價購或承租。
不過，農田水利會無償使用私人土地問題，因為年代久遠，處理上非常棘手。近年來，全台農田水利會自籌財源能力欠佳，多數水利會以變賣資產作為營運資金籌措來源，對於早期無償徵用之土地，根本無力解決。 （相關報導： 12%優存尾大不掉？農田水利會將改制公務機關，每年竟支付1.5億元負擔退休優惠存款 ｜ 更多文章 ）
根據106年度中央政府總決算審查報告，全國17個農田水利會近5年度平均自籌財源比率為61.42％，其中，花蓮及台東農田水利會自籌財源比率僅4.30％及5.70％為最低，顯示全台農田水利會近年來，主要靠變賣資產收入為其自籌收入來源。
