顏慧欣3月12日因病逝世，享年53歲，但直到3月23日辦完告別式後，消息才在隔日傳開。儘管賴清德、副總統蕭美琴、行政院長卓榮泰、行政院副院長鄭麗君，以及總統府發言人郭雅慧、行政院發言人李慧芝等人，在顏慧欣離世消息曝光後，均表達哀痛與不捨，有媒體報導揭露，顏慧欣生前在經貿辦，受到長官排擠，工作並不愉快；更有網友爆料，顏慧欣頻被長官當眾斥責，下屬甚至繞過顏慧欣直接上呈公文。
行政院昨日上午召開記者會期間，《自由時報》提問時詢及，行政院是否在顏慧欣生前就接獲相關申訴？李慧芝一度回應時一度哽咽，她說，「其實我真的很難過她的離世，但在她生前的時候，並沒有聽到相關的內容。」被問到需要多久才會決定是否要立案調查？李慧芝則說，「我們都已經進行了解當中。」她提到，各界關注議題，行政院已進行了解，卓榮泰非常不捨，也將核頒顏慧欣一等功績獎章，感念顏慧欣長年橫跨歷任政府對台灣的貢獻，以及對這次台美關稅談判的種種付出。
顏慧欣辭呈提經貿辦3缺失 自曝建言「遭到嚴厲駁斥」
不過，《工商時報》今日刊報披露，顏慧欣於2月19日、農曆正月初三，在加護病房商請醫護及家人協助呈送卓榮泰辭呈，當中先是感念邀她轉任經貿辦副總談判代表，但隨後提及參與經貿辦後，心中頗感憂慮，例如由總統層級對外宣示爭取加入的跨太平洋夥伴全面進步協定（CPTPP），實際執行卻「充滿消極敷衍」，她過去一年半多次提出建言，「不但未獲採納，甚至遭到嚴厲駁斥。」
據《工商時報》披露的辭呈，顏慧欣還提到，經貿辦設立18年，迄今仍採任務編組，完全沒有培養高階談判人才的制度，導致人才出現嚴重斷層，而在決策流程與公文查考制度也有待強化；她說，自己雖然一再提出建言，但始終未獲接納，身為副手，她反覆思考該如何在不違反行政倫理的前提下，向卓榮泰報告相關情況，而後因台美關稅談判開始，她權衡情勢輕重，暫時擱置相關念頭。
卓榮泰證實辭呈如媒體揭露 行政院特例全由外部委員調查
顏慧欣辭呈曝光後，卓榮泰今日上午於立法院接受媒體聯訪時表示，顏慧欣確實因包括身體等個人因素，在農曆新年連假期間，用傳真、簡訊的方式，傳來一封辭職信，「內容就是今天在媒體所揭露。」而如今事情因種種因素及各方關心，行政院也認為必須要對事件有了解，行政院秘書長張惇涵昨日以牽絆，將特例由所有關於職場霸淩調查的委員中，全部外聘的委員來負責，期盼藉由外聘委員對事件的客觀、中立、專業，調查結果能讓經貿辦工作持續進行，人員工作情緒不受影響。
李慧芝今日也透過文字表示，有關傳聞顏慧欣疑似在職場受排擠等相關議題，卓榮泰十分重視，已指示啟動事實釐清程序，並依據《公務人員執行職務安全及衛生防護辦法》及《行政院院本部職場霸凌防治申訴及調查處理要點》等相關規定，將由本院「安全及衛生防護委員會」的外部委員，就相關事實進行必要釐清。
疑楊珍妮「咆哮下屬」音檔曝光 自稱不記得相關事件
另一方面，《TVBS》昨日報導，稱接獲4段行政院經貿談判辦公室總談判代表楊珍妮，過去任職經濟部國際貿易局長期間「咆哮下屬」的錄音檔；依照被播出的音檔內容，可聽聞疑似楊珍妮的女聲罵道，「局長從昨天下令到現在，不做就是不做，昨天晚上講也是一樣，早上講還是這樣」、「組長我有這樣講過你嗎？組長這叫做造謠耶，我可以告你耶，我什麼時候有講過這句話呢」、「組長你自己講，怎麼可以這樣，跟組長說局長罵你？」
據《TVBS新聞網》報導，楊珍妮受訪時回應，「謝謝你喔，告訴我這個資訊，我覺得很訝異，因為我離開貿易局已經這麼久了，我不太清楚這個事件是什麼。」並稱自己在國貿局任職期間，「跟大家都相處得很好」，那段經歷是自己記憶中相當美好的一段；但也坦言在工作上確實要求較嚴格。
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