民進黨在2016年1月16日大選贏得執政權和國會多數。馬英九總統隨即釋出組閣權，邀民進黨以國會多數黨之姿組織內閣，卻遭總統當選人蔡英文回絕，認為有此舉有憲政爭議，拒絕提前組閣。綠營認為，若目前立即由國會多數黨組閣，閣揆及閣員將赴總統府向馬英九總統宣誓。然而未來政務官是要聽馬總統或新閣揆指揮，勢將形成「雙頭馬車」，甚至權責不清之局。且當前政府決策權意志仍在總統身上，一旦新閣揆與馬總統意見相左，那該如何處理。況且兩岸、國防、外交等國安議題向由總統直接指揮，兩岸相關政策已涉國安事宜，因此新閣揆勢必無法在兩岸議題上置喙，亦無法指揮陸委會。此時民進黨貿然組閣，將更添政局混亂。
新舊執政黨對於組閣一事各執一辭，如此情勢不僅浮現我國政權轉換的窘況，更突顯我國府、院、國會權責體制多有扞格的困境。
早在2014年底台灣地方選舉結束之際，接替馬英九出任國民黨黨主席的朱立倫即曾拋出一項憲改議題，倡議將台灣現行近似美國「二元民主」的中央政府體制修改為內閣制。他主張我國政治體制應改為內閣制以貼近民意，並解決總統有權無責的憲政困境。朱立倫認為，內閣制就不至如此，不會因一個人的選舉來主導，台灣所有民眾不需要激化總統選舉的對決，而是透過國會改選，來決定我們政府政策施政方向。
其實自2005年修憲之後，國民黨對於外界各種修憲主張，幾乎都少予理會，馬英九甚至曾說過修憲不是主流民意。但2014年地方選舉慘敗，為回應改革呼聲，朱立倫提出內閣制，希望完成修憲配套，讓台灣民主更為普遍深化。馬英九更在2016年總統、立委選舉潰敗之際拋出多數黨組閣之議。其動機與時機都是值得深究的。
我國憲政結構缺陷致使政治體系失能以及朝野僵局困境，早在李登輝、陳水扁七次修憲時即已埋下引線。陳水扁任內朝小野大、朝野對峙，以致諸多政策、法案遭到杯葛，招致空轉政府之譏。即便到了2008年馬英九當選總統，國民黨控制立法院，這些困境依然存在。馬英九前五年任期中，任命劉兆玄、吳敦義、陳沖等人組織內閣，推動了較大幅度政策變革，包括年金改革方案、美牛開放、油電雙漲及證所稅課徵等。這些政策的推動有其因應國內外情勢、積極應變的考量，但其推動的時機與方式卻讓部分國人產生疑慮。及至江宜樺閣揆任內又發生了銅葉綠素橄欖油、餿水油事件、太陽花反服貿爭議、12年國教紛擾。這些政策紛爭或弊案，有部分肇因於馬英九的政策抉擇，連帶的導致民眾對總統直接或間接參與國家政治事務決策的正當性有所質疑。
這些政治爭議所形成的議題，承載著非常深厚的憲政意義。朝野對這些國家政策的形成、處理模式，總統本身主導政府決策的態度，以及這段期間公民社會對總統府、行政院之間權責的認知與討論方向，都在在影響我們國家憲政體制的實踐與發展。 （相關報導： 馬總統多數黨組閣說未知會毛揆？政院反駁心結說：施政無空窗 ｜ 更多文章 ）
1946年我國憲法初訂，未經全面施，即遭匪亂，旋即進入動員戡亂時期，憲法亦遭凍結。1988年蔣經國病逝後，台灣幾經衝撞，遂於1991年結束動員戡亂，回歸憲政並進行修憲。歷十四年之時程，經過七度修憲，這套屢經修訂的憲法理當對於我國政治局勢有清晰、明確的指引功能才是。然而從陳水扁到馬英九，我們看到不同的政治僵局與困境不斷的在台灣上演，卻無法依賴憲法所建構的憲政原則解開僵局，順暢運作國政。結果是，陳水扁時代一位又一位的行政院長請辭下台；馬英九時代強勢主導黨政運作，不少政策由總統操盤，令出中央，然而我們國家的經濟情勢卻每況愈下，失業嚴重，股市停滯盤旋，物價上漲，民眾怨聲載道，也導致馬英九任內四位行政院長請辭負責。如此政治權力、責任曖昧不清的政局，出現在一個企求民主制度穩定發展、七度協商修訂憲法的國度，委實在令人困惑。
