我在擔任國科會主委時,定下了嚴格的「利益迴避」規範。由於國科會(現在的科技部)許多次長、司處主管都是借調自大學,當他們主導科技預算分配時,難免會偏袒或關注自己熟悉的領域、自己原本任教的大學、自己的同事長官。若是這樣,則預算分配一定不公平,也必然沒有效率(因為不該得到研究經費的會因為次長、司處長的護航而得到,也同時使該得到研究經費的得不到)。我當初定下的規範是:包括(含)首長以下的所有借調官員,不可以對自己原服務單位的任何計畫發言、簽注意見。如果一定有必要表示意見,要主動揭露自己的利益關係。據了解,這個內規並沒有修改,目前仍然有效。任何公正的人都知道,以上所描述的迴避與揭露,是一個好的制度。但是除了科技部,許多其他部會,也有審議分配預算的人與「原服務單位」有利益瓜葛。例如經濟部的工業局、能源局、行政院科技會報、衛福部、教育部等等,都審議不少研究或計劃預算。許多朋友告訴我,最近他們在審查預算時,主事者不但沒有利益迴避,甚至因為預期在幾個月後就要政黨輪替,拼命在最近爭取通過「多年期計劃」。他們的算盤是:趁著政黨輪替之前,趕快為自己的大學、同僚、長官、團隊、甚至學生,搶奪一些跨年度計劃,以便可以「多年經費無虞」,不必逐年再審。用白話文來說,「即使政黨輪替換手了,跨年計劃經費卻不會換手」。