選戰緊繃時分，台北市政府卻搶戲，爆出有2位官員向市長柯文哲遞出辭呈獲准，分別是副市長周麗芳與文化局長倪重華。由於柯市府日前才請議員為官員評比，兩人都位在排名後段班，外界猜測與兩人的下台有關，柯文哲15日對於同仁的離開表示「行雲流水皆自然」。
媒體懷疑是否因為名次在後，所以2人遭逼退？柯文哲回應，每個人有每個人的人生規劃，他尊重每個人的選擇，柯還提到，目前的公部門也不是一個很吸引人的地方，原則上尊重每個人的生涯規劃，柯說，倪重華找他談離職時，他的個性也不會跟人家多問什麼。
柯文哲看人員流動：鐵打的營盤、流水的兵
柯文哲表示，人的離開是「行雲流水皆自然」、「鐵打的營盤、流水的兵」，市政團隊效率越來越好、團隊越來越強這才是目標，柯還再次強調離職這件事，「對我來講，滿自然的」。
至於是否心有人選來接替文化局長之位？柯文哲說，原則上他相信「眾人的智慧超越各人的智慧」，選人不會由市長一人決定，還是要有遴選機制，也許是向天下徵才的I-Voting，或只是市長室會議成員來選，那就比較簡單，但都不是市長一人做決定，都有或大或小的遴選程序。
由於柯文哲團隊長期有找人的困難，就連延攬周麗芳入閣任副市長都是網路上搜尋到的，而非自己認識的人，是否擔心人才庫不夠？柯文哲表示，天下人才多得是，從自己的選舉經驗中，只要給人家機會，「後生可畏，焉知來者之不如今？」
官員排名傷自尊 柯文哲：評薦制度是好的
至於官員的評薦制度該不該公開，以及排名恐有傷及官員自尊心的問題，柯文哲說，自己在台大醫院當主任時，都有評薦制度，但在市府內做評鑑由議員打分數，難就難在既然要議員打分數，議員事後又要求看分數統計結果，能不給他看嗎？柯文哲指議員會把分數給流出去給媒體。因此，柯說，當初把資料給議員時，內心就猶豫一下，制度推行時，很難完美，所以慢慢尋找平衡點。
柯文哲認為，評薦制度還是好的，市府透過同儕、議員、員工評分，產業局、勞動局也請被服務對象評分，加上預算通過率、執行率等指標，柯解釋，文明國家賞罰分明，執行成果的好壞應該有清楚的數字，而不是說長官憑個人喜好，這是滿大的進步，他說，跟其他縣市比較起來，台北市在這點上還算是滿前進的。 （相關報導： 北市小內閣又走人！倪重華驚爆請辭文化局長 柯文哲同意 ｜ 更多文章 ）
柯文哲提到，作為科學家、學者，勇於創新讓整個國家在制度上不斷前進，有問題會修正，創新跟效率還是社會很重要的。每個制度推行還是有缺點，「但是，大體而言，我認為評薦制度是好的」，「評鑑作為自我反省改進的方式，就像學生一定要考試」。
