時任國防部長蔡明憲被高檢署指控其將機密文件「鐽震案」調查報告交付給當時已經卸任行政院副院長的邱義仁，2人於2014年8月2日雙雙依違反《國家機密保護法》起訴，對此，蔡明憲喊冤調查報告早在邱義仁卸任前就出爐，法官也認定邱義仁是忘記收受文件的時間，因此於今年8月判邱義仁、蔡明憲無罪，高檢署不服提上訴，12日被最高法院駁回，全案定讞。
這起案件發生在過去特偵組偵查扁案時，曾於邱義仁家中搜索，特偵組意外在一張辦公桌的抽屜中發現裝有「鐽震案」調查報告的牛皮紙袋，並寫著「敬呈行政院副院長邱義仁」，署名「蔡明憲」。
特偵組便問邱義仁文件怎麼來的，他回答好像是在他卸任後，蔡明憲到他家中看他時給的，因此高檢署認定時任國防部長蔡明憲將軍情機密文件洩漏，將2人依違反《國家機密保護法》起訴。
法院審理期間，蔡明憲喊冤，他表示「鐽震案」的調查報告早在邱義仁卸任行政院副院長前就已出爐，當時是依規定呈給行政院正、副院長以及立法院長。他也澄清前往邱義仁家中只是單純關心他。
為了求證，法官也傳喚當時陪同蔡明憲去邱家的多名隨扈，他們都證稱蔡明憲只有帶麵線去給邱義仁吃，沒看到蔡明憲交付文件。因此，法官又詢問了邱義仁到底記不記得蔡明憲在哪個時間點把文件交給他，邱才改口說當時事情很多，實在記不清楚。 （相關報導： 蔡訪日蔬果批發市場 邱義仁展現「農夫專業」 ｜ 更多文章 ）
法官再檢視該封牛皮紙袋，發現裡面只有11 頁鐽震案調查報告內容及附件，以及其他雜七雜八的公文，但是完整的調查報告應該有400多頁，法官研判應該是邱義仁卸任之際，匆促打包的結果，因此於今年8月判邱義仁、蔡明憲無罪，高檢署不服提上訴，12日被最高法院駁回，全案定讞。
