導致前陸委會特任副主委張顯耀去職的「工作疑點」，經過數日發酵，竟出現陸委會的「疑似洩密」及調查局的「往共諜方向調查」兩種版本。據陸委會內消息，張顯耀遭檢舉事由疑為洩露公文，內容涉及「經貿談判底線」。
然而據媒體說法，調查局已認定張顯耀觸犯「外患罪」，疑似遭中方吸收為「共諜」，利用赴中國交流機會，將業務資訊提供給對岸，洩密案件在2件以上。
距離陸委會主委王郁琦告知張顯耀遭檢舉洩密，以「公司董事長」職位交換其主動請辭，到全案升高為史上層級最高的共諜案，不過短短1周。期間陸委會說法歷經數變，不但「工作疑點」演變為影響國家安全的「洩密」，堅拒說明案情的理由，也從「顧及張顯耀的尊嚴」變成「調查中不便公開」。
據陸委會內部說法，王郁琦接獲的檢舉函來自「外部」，不排除由美方提供；內容指稱張顯耀調閱公文，藉登陸協商之便提供給談判對手，公文涉及我方經貿談判策略及談判底線。然而對此說法，陸委會完全不願證實，並要求媒體不得妄加猜測。
然而據國安人士透露，張顯耀所涉洩密「在2件以上」，其中包括可能影響馬習會的推動業務，底線洩露可能導致馬習會破局。至於由國安會親自操盤的馬習會，一向透過雙方特定高層的熱線進行聯繫，為何張顯耀能有洩密空間？國安人士拒絕回應。
陸委會人士則分析，若洩密內容僅止於經貿談判，則對國家利益傷害較小，陸委會及王郁琦承擔的政治責任也相對大為降低，受牽連範圍應會向下延伸至會內公務員；若調查局掌握的情資涉及政治議題，甚至影響馬習會規劃，則王郁琦恐怕也難逃責任。
而王郁琦在20日的記者會上直指張顯耀洩密的同時，調查局已認定此事屬「外患罪」性質，甚至出現「共諜」說法。然而共諜的認定，洩密行為必須存在對價關係，且「上線」為中國哪一個單位仍不明朗，目前仍未確定是否可以定調為「共諜案」。
儘管王郁琦在記者會上表示，事發以來，馬英九總統與國安會秘書長金溥聰僅詢事件發展，否認曾做任何指示，但據了解，為降低張顯耀案對兩岸關係的衝擊，以及國內對兩岸談判的信任，馬、江、金近日數度討論因應之道，在張顯耀上電視回擊陸委會及國安會之後，於20日上午拍板由王郁琦出面證實張顯耀洩密，而府、院、黨陸續釋出消息，指張顯耀「工作疑點」可能損及國家安全，全面轉守為攻。
