前陸委會副主委張顯耀被迫去職後，在電視節目中稱馬英九總統不久前肯定他在兩岸經合會表現，不解為何被迫辭職。陸委會主委王郁琦表示，海基會僅具象徵性功能，不再負責談判。此說法是否意味海基會可能虛級化，王郁琦澄清，海基會服務台商的功能仍是陸委會無法取代，相關工作還會繼續進行。
為了證明張顯耀在經合會表現受馬英九肯定，不影響陸委會決定將其調職的決定，王郁琦在記者會中特別指出，張顯耀以海基會秘書長身分出席兩岸經合會，儀式性功能大於實質性功能。
而「政府高層人士」更透過媒體表示，海基會副董事長兼秘書長在兩岸談判上的角色已愈來愈淡，未來兩岸談判主要將由政府部門主導；海基會未來以服務台商為主，而經合會議題在事前已在「陸委會率各部會作業」的情況下完成，海基會副董事長兼秘書長並不承擔實際談判任務，只剩下「握手」的象徵功能。
這說法是否暗示政府有意將海基會虛級化，甚至讓海基會逐步走入歷史，王郁琦改口表示，海基會仍然有它在這個時代的意義和功能，而且海基會在服務台商的功能是陸委會無法取代的。
王郁琦同時指出，兩岸互設辦事機構，基於政治現實，仍然必須要用海基會招牌，因此相關洽談籌設的相關工作還會繼續進行。
