陸委會接獲檢舉，指控前副主委張顯耀洩密，並要求張顯耀去職以進行調查。媒體質疑負責談判的下屬涉及洩密，陸委會主委王郁琦是否應負政治責任？王郁琦表示，個人責任與張顯耀工作疑點的調查結果「直接相關」，調查完將就此對外說明。
王郁琦20 日舉行記者會，說明張顯耀去職風波始末。對於王郁琦在接獲檢舉後，「個人確信」必須將張顯耀調職以進行調查，媒體質疑若部屬確實涉及洩密並危及國家安全，王郁琦是否應負政治責任？若調查後還張顯耀清白，近日來提出各種不同說詞的陸委會和王郁琦，是否應為說謊負責？
王郁琦表示，身為陸委會主委，他了解這個問題的用意，他個人的責任與張顯耀工作疑點的調查結果「直接相關」；他將在調查釐清疑點之後，就此一問題對外說明。
而張顯耀事件是否影響國人信任和兩岸互信？王郁琦坦承，相信此事「某種程度有影響」，但當談判團隊內部有疑慮的情況下，如何與中國進行談判？只有在沒有疑慮的情況下，才能在談判中為台灣爭取權益，因此這種作法是「兩害相權取其輕」。
王郁琦同時表示，由於兩岸協商談判在過去一年有相當大的變化，已經越來越制度化，個人因素也越來越淡，因此只要兩岸的常態化溝通機制繼續運作，張顯耀去職並不影響兩岸協商談判的繼續進行。
對於外界質疑他與張顯耀是否不和，他也特別釐清，他與張顯耀互動良好、相互尊重，也很感謝他2年來的協助；但這件事的本質是嚴肅的公務，不能考量私人情誼；儘管此事讓他面臨顧及張顯耀感受及國人信任的痛苦抉擇，他「以陸委會主委的身分思考」，考量國家長遠發展，必須要面對處理。
