南投縣政府針對清境農場地區暫停核發建造執照的「限建令」已於5月15日到期，考量向內政部申請的「新訂清境風景區特定區計畫」仍在審議中，因此南投縣政府決定將「限建令」再展延1年，暫緩核發新建照直到2015年5月15日為止。
南投縣政府表示，為了防範及管制清境農場擴大開發、避免過度開發影響民生及國土資源保育，因此在2012年5月16日開始即暫停核發仁愛鄉清境周邊地區的建造執照，以實施該地區發展總量及成長管制，「原本希望在今年5月中前，『新訂清境風景區特定區計畫』可以獲得內政部審核通過，但迄今尚在補件階段，因此縣府決定將暫停核發建造執照時間再展延1年，以期計畫通過後能更有效引導該地區發展。」
南投縣政府官員指出，上次內政部小組審查中主要要求內政部規劃清境農場的用水量，「我們規劃清境風景區1天用水量為1千立方公尺，而1人1天用水量為0.25立方公尺，估算下來，1天水量可供4千人使用，而當地居民僅千餘名，由可供應水量我們訂出1年清境農場可容受120萬人次旅客觀光。」
南投縣政府表示，用水計畫方面須經過經過農委會、經濟部水利署以及環保署等三部會單位審核同意，取得三單位的同意函後，才能進入下一階段大會審查。
4月30日環保署環評審查中，針對南投縣政府所送上的清境農場區計畫申請中，並未限制地質敏感地區開發規定，環保署副署長葉欣誠當場裁示退件，要求南投縣政府必須回應地調所公告的地質問題後再送審。
對此，南投縣政府官員表示，由於當初政策環評是在3月7日送抵環保署審查，然而，經濟部中央地質調查所是在3月31日才公告清境農場有6成土地都位於「山崩與地滑地質敏感區」，「這部分我們會遵從主管機關的指示，再補件送到環保署審查。」
