日本學術會議會員任期為6年，每3年換一半會員。今年是改選期，照例向政府提出了105位新會員的名單。過去政府都認可他們推薦的名單，但這屆的首相不同意其中6位新會員入會。
繼《赤旗》之後，各大媒體也報導了這則新聞，並在官房長官記者會上問政府這個做法是否合法，新任官房長官加藤勝信只曖昧地回答：「這是依法適當的人事，不會修改，也不準備說明不同意的理由。」
被刷掉的六位教授有東京大學、京都大學、早稻田大學、立命館大學、國際基督教大學等知名大學社會科學領域的法律與歷史學者。他們都公開反對安保法制修法、限制國安外交情報揭露的《特定祕密保護法》，以及與反恐相關的「共謀罪」，這些都是安倍政權為修憲推動的一連串修法。因此，人人都知道菅不同意這些人選無疑是為了報復。
10月9日，菅義偉在內閣記者會上接受媒體代表提問，菅沒說明不同意的理由，卻說自己確認的名單裡只有99名學者，6名已刪掉，並說不知誰刪掉這6人。但在12日時，有一家通訊社獨家報導菅義偉事先知情，主導篩選工作的是菅親信、官房副長官杉田和博。如這獨家報導是真的，菅義偉確實欺騙選民。
