行政院會3日上午通過《台灣地區與大陸地區訂定協議處理及監督條例》草案，根據現行四階段監督及兩階段國安審查機制，加上民間版加強國會及公眾溝通等精神，將學運訴求的監督機制入法。至於爭議中的服貿協議能否適用，陸委會主委王郁琦雖不再堅持不適用立場，但表示須視此草案立法生效後，服貿協議處於哪個段而定；從立法實務上來說，監督條例是否先立法再審查服貿，「並沒有差別」。
回應反服貿抗爭訴求，行政院火速制訂《兩岸協議處理及監督條例》草案，並於3日通過，核轉立法院審議。條文除將現行的四階段監督及兩階段國安審查機制入法，並採取抗爭學生提出之「民間版」精神，特別強化協議談判過程中國會與公眾溝通機制，以及協議對國家安全、社會衝擊的評估。
至於服貿協議能否適用此一條例，王郁琦表示，須視條例生效時，服貿協議審議進行到哪一個階段而定。他說明，四階段監督和二階段國安審查都屬於協議送立法院前的階段，而服貿協議目前屬於「交付委員會審查」階段，以政院版條例劃分，應適用第16條立法院審查的條文。
但王郁琦也強調，立法院最終通過哪個版本的監督條例，並不影響所謂「先立法後審查」的訴求。他表示，就算先完成監督條例立法，若通過政院版，服貿協議就依上述審查階段處理；若通過民間版，其中要求未通過立法院審議的協議必須重新議決，否則過去所有協議自始不具國內法效力。王郁琦說，在此情形下，就算服貿協議已經審議生效也沒有用，「有沒有先立法再審查，其實是一樣的」。
王郁琦更進一步舉例，根據民間版監督條例主張，所有兩岸協議都必須經過國會議決才能生效，那麼已經適用的兩岸共同打擊犯罪，遣送回台的通緝犯是否要送回大陸？是否兩岸直航必須先行暫停？ECFA早收清單中的優惠關稅是否暫時無法適用？王郁琦強調，在民間版本中確實存在一些難以落實的主張，但在行政機關的立場，哪個法案先審議，只能尊重立法院。
兩岸協議監督條例草案內容要點如下：
一、 兩岸協議協商應恪遵對等、尊嚴、互惠及確保國家安全之原則。(草案第4條)
二、 協議權責主管機關應會同行政院大陸委員會及議題相關機關，與立法院及社會大眾進行溝通、諮詢之程序。(草案第6條及第7條)
三、 兩岸協議之國家安全審查機制、審查項目及審查結果之處理方式。(草案第9條至第11條)
四、 參與或辦理兩岸協議草擬、協商或簽署人員之保密及利益衝突迴避義務。(草案第13條)
五、 兩岸協議送立法院審議或備查之程序。(草案第14條至第16條)
六、 兩岸協議經立法院審議未通過或審查未予備查之處理方式。(草案第17條)
七、 兩岸協議於立法院完成有關程序後，應經協議雙方交換文件，始生效力。(草案第18條)
八、 經立法院審議通過之兩岸協議與法律之關係。(草案第20條)
九、 兩岸協議生效後，應定期檢討協議執行情形。(草案第23條)
十、 兩岸協議之修正、變更或終止，準用本條例之相關規定。但其修正或變更係依協議規定檢討者，得視需要準用其程序之一部或全部。(草案第24條)
