為回應反服貿抗爭之訴求，行政院會3日通過《兩岸協議監督條例》草案，根據加強國會監督及公眾溝通的精神，草案納入重啟協商的機制，規定協議經立院審議未通過者，行政部門應通知對岸，視需要重啟協商。
對照反服貿學生提出之「民間版」，要求行政部門在談判前90天便需向國會遞交計劃書，必須在立法院通過後才能進行談判，陸委會主委王郁琦認為，此版本參考美國的「快速授權法」精神，卻不包含國會限時包裹表決的機制，「只抄了一半」，恐有行政權與立法權混淆的爭議。
根據政院版《兩岸協議監督條例》草案，兩岸協議在談判前及過程中，必須依議題形成階段、議題業務溝通階段、協議簽署前階段，及協議簽署後階段，向國會進行溝通及諮詢。與此同時，協議主管機關及陸委會必須藉辦理說明會、座談會及公聽會等，進行公眾溝通與諮詢。
而陸委會在今年初提出的兩階段國安審查機制，則依序在業務溝通階段及協議簽署前階段進行，初審由行政院政務委員邀集相關單位與民間專家進行，複審則由國家安全會議進行審查。
外界關心協議完成後，是否有重啟協商的機制？草案規定，協議經立法院審議未通過，或審查未予備查者，協議統籌辦理機關應即通知協議對方，視需要與對方重啟協商；重啟協商後之協議，仍應依條例規定進行監督。
陸委會主委王郁琦在行政院會後記者會上表示，《兩岸協議監督條例》立法生效後，服貿協議可能適用立法院審查的部分規定。意即服貿協議可能受監督條例限制，在未獲立法院審議通過的情況下，與對岸重啟協商。
對照政院版草案，民間版監督條例則要求行政部門在與對岸談判90天前，必須向國會提交「協議締結計畫」，列出談判可能爭議點及因應策略，並且經過立院通過。陸委會主委王郁琦表示，此主張將使我方的底限和策略在談判前完全曝光；加上民間版又要求若原計劃更動，必須重新取得國會三分之二通過才能重新展開協商，使談判程序難以操作。
王郁琦表示，民間版是參考美國的「快速授權法」精神，但根據美國憲法，國際貿易談判權屬於國會，而且在國會高度參與的情況下，對協議有限時包裹表決的規定。王郁琦認為，民間版只包括國會參與的部分，卻沒有限時包裹表決的機制，「只抄了一半」，恐有行政權與立法權混淆的憲政爭議。
