馬英九總統4月3日將在北部地區進行部隊視察行程，除前往陸軍6軍團21砲指部視察外，也將前往即將改制的中科院，但受到中科院政戰部門要求員工不得參與學生反服貿的活動，被內部員工抗議有違憲而雜音四起，讓特勤人員對馬總統視察中科院相當緊張。
據指出，馬總統在國防部安排上午先視察6軍團21砲指部的「雷霆2000」多管火箭營的部隊演訓狀況，由於多管火箭營多數是志願役士兵組成，是政府推動募兵制的重要指標，馬總統中午並在該部隊與官兵會餐。
下午則轉往龍潭視察中科院，由於中科院將於4月16日改制為行政法人的「國家中山科學研究院」，而這項改制是馬總統指示下完成，國防部特別安排馬總統視察中科院，並由新任的中科院長張冠群向馬總統簡報，中科院研發完成的「雲峰」中程飛彈，以及新型防空系統「勁弩專案」等武器裝備的進度現況。
據指出，近來學生反服貿活動影響，中科院參與總統視察活動員工通通都要先經過身家安全檢查，以防有反服貿學生的親屬在其中而有突發狀況。另外，日前中科院政戰部門發函給各單位，要求不得參與反服貿的學生活動，但馬上有員工投書到院長信箱內，抗議政戰的作法已違反憲法的人民有集會的自由，雖然院長室要求政戰部門收回，但內部是指責聲不斷，認為政戰部門太超過。
