針對台日關係，蔡英文總統6日接受日本《讀賣新聞》專訪，坦言「臺日海洋事務合作對話」機制啟動是有些遲延，但她也說，在雙方努力之下，近期將會跟日本共同召開「臺日海洋事務合作對話」，可望在近期內共同對外宣布會議的日程跟相關的訊息，也不排除就在這個月。她也盼這次對話，能討論「沖之鳥」水域台灣的漁權問題。
蔡英文在專訪中坦言，在沖之鳥的議題上面，台日雙方是有一些不一樣的立場，但是做為中華民國總統，她最關切的事情還是我們的漁權，也就是台灣漁民在相關水域可以進行漁業行為，而且可以自由地進行，這是台灣最關切的事情。「如果雙方覺得適合，我們也非常希望，在這一次對話裡面，能夠把這個納入討論。」
感謝日本支持臺灣參與ICAO
蔡英文也特別感謝最近在「國際民航組織」（ICAO）的案子，日本官房長官菅義偉公開發表支持臺灣參與「國際民航組織」。她提到，在過去一段時間，雙方都發生大規模的地震，尤其在日本的熊本、大分，還有臺灣南部，雙方人民都表現出非常關切而且願意協助的心情與態度，這都說明兩國友善的關係及人民的親近。
蔡英文說，臺灣與日本之間的關係，無論是從地緣政治或是以歷史的角度來看，雙方從實質的交流到人民的往來，其實都非常非常緊密。同時，台灣也看到現在、甚至歷屆的日本政府都對臺灣保持相當的善意，尤其是現在的日本政府更積極想跟臺灣有更多的合作來強化雙邊的關係。「我們也很高興看到的是一個有善意，願意再更進一步與臺灣發展合作關係的日本政府和友善的日本人民。」
「安倍首相是我們相當熟悉的人，我們也瞭解他對臺灣很善意」
蔡英文說，在她當選的第一時間，還有就任的第一時間，都收到來自日本政府的恭賀，尤其是安倍晉三首相個人的恭賀訊息。安倍2012年12月就任首相之前，其實曾有幾次來臺灣，我們也有與他互動的機會，「長期以來，對臺灣來講，安倍首相是我們相當熟悉的人，我們也瞭解他對臺灣很善意。」
蔡英文說，安倍首相是一位熟悉國際事務的領導人，在這個地區的幾個主要國家之間，他都有去拜訪，也有去瞭解， 也相當有國際視野，以她的觀察，她認為安倍是很有意志力的一位領導人。我們也非常期待與安倍在將來有好的合作，不但雙邊關係可以更進一步地強化，同時也可以為這個地區的和平穩定，大家一起來努力。 （相關報導： 蔡英文：政府尊重92年達成的共同認知與諒解，是回應中方訴求重大善意 ｜ 更多文章 ）
蔡英文也提到，非常期待與日本政府及日本的企業界，還有日本的民間展開全面對話，尋求經濟上互補與合作的機會。她認為，日本具有技術研發跟品牌形象的優勢，臺灣則擁有完整的高科技與製造業的供應鏈，雙方有很大的產業合作空間。且雙方合作關係不只限於現在的產業合作，也希望在將來的新南向政策當中，可以和日本一起在東南亞、南亞尋求合作發展的機會。尤其是台、日曾經在高鐵和一些重要的領域上有很好的合作，所以可以共同在新南向政策上，持續讓雙邊合作關係更進一步發展。
