前總統馬英九申請15日（周三）赴香港出席「亞洲出版業協會」（SOPA）2016年「亞洲卓越新聞獎」頒獎典禮，並發表演講。總統府發言人黃重諺12日表示，對於馬前總統的出境申請，總統府已核定「不予同意」。
黃重諺表示，基於卸任總統在國家安全上的重要性、特殊性與機敏性，復以本案無前例可循，為求慎重，總統指示由總統府林碧炤秘書長與國家安全會議吳釗燮秘書長共同召集組成專案評估小組，並函請國家安全會議、國家安全局、外交部、國防部、法務部、行政院大陸委員會等6機關提供相關意見。專案小組參考前述機關意見，及馬前總統辦公室補充之書面資料，並經7日、8日二次會議後，建議總統對馬前總統的申請案不予同意。
專案小組4點考量理由
黃重諺說明，專案小組考量之理由共有4點：第一、馬前總統經管或接觸之國家機密甚鉅，且因甫卸任不足一月，相關機密仍具高度保密之必要。第二、馬前總統任內所經管或接觸之國家機密檔案及資料，尚待更多時間清查確認。第三、香港對我國家安全之維護係屬高度敏感地區，卸任總統於出境管制期間造訪香港之風險難以管控。第四、國安局與香港政府相關合作並無前例可循，復以本案時間緊迫，難以與中國大陸及香港政府充分協商。
黃重諺也說，專案小組建議不同意此案申請，並非為了阻撓馬前總統公開演說或國際發聲，係評估此一行程所能達成之目的與我國國家安全利益可能造成之風險之間兩相權衡，尚難認為符合比例原則。同時，專案小組也建議馬前總統可參考往例，在不須親自出境之下，以國際視訊會議等作法，達成發表演說的目的。
此外黃重諺也指出，專案小組認為本案是《國家機密保護法》公布施行以來，首度卸任總統於管制期間申請出境之個案，而過去對於類似案件之准駁並無完整之審酌與評估作業流程，基於申請人曾任總統身分之特殊性、重要性及機敏性，因此專案小組也認為應參酌本案處理程序與經驗，以及行政院法務部相關法律見解，檢討修正總統府既有做法，以完備相關規範，建立常態性制度據以執行，以落實國家機密保護法之立法意旨及目的。
馬英九辦公室本月1日表示，馬英九應「亞洲出版業協會（SOPA）」邀請，於6月15日出席「亞洲卓越新聞獎」頒獎典禮，並發表專題演說。當時馬辦特別強調，為免有心人士惡意炒作，馬英九此行將當日來回，全程透明公開，歡迎媒體隨行全程採訪。
總統府專案小組評估報告摘要
按國家機密保護法第26條第1項，對於核定、辦理國家機密之退、離職或移交國家機密未滿三年之人員，有出境管制之規定。有關前開出境管制之人員，應經其（原）服務機關或委託機關首長或其授權之人核准之後，始得出境。
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國家機密保護法之立法意旨及目的，係因國家機密攸關國家安全或利益，若涉及國家機密之退、離職或移交人員任意出境，在外恐易發生洩漏國家機密之情事，將造成國家安全及利益之重大損害，故應由該（原）服務機關或其授權之人，審酌其守密程度等相關事由後據以准駁。如其涉密程度不深或無發生洩密之虞，始應予准許。
（一）馬前總統核定、經管或接觸之國家機密甚鉅，且因甫卸任不足一月，相關機密仍具高度保密之必要。
經綜合彙整國家安全會議、國家安全局、外交部、國防部及行政院大陸委員會等機關所提供資料，馬前總統任內所核定、經管或接觸之國家機密數量甚鉅，機密等級涵蓋極機密、機密與密，涉密程度極高應無疑義。
另國家機密保護法之所以對退、離職涉密人員仍有三年之管制規定，乃基於在一定期間之內，該等人員任內所核定、經管或涉及之機密仍具高度保密之必要。馬前總統申請出境日期，距離卸任僅短短27日，其任內所核定、經管或涉及之機密對國家利益仍影響甚鉅。
考量其涉密程度極高、與卸任時間未久等因素，本案機密保護之風險較任何以往案例為高，本府必須審慎因應。
（二）馬前總統任內所核定、經管或接觸之國家機密檔案及資料，尚待更多時間完成清查與確認。
國家機密保護法施行細則規定，對涉及國家機密之退、離職人員之出境，原服務機關必須審酌其涉密、守密程度等相關事由後據以准駁。依據該法主管機關法務部之法律見解，原服務機關必須考量該人員所核定、經管或接觸之國家機密檔案與資料，是否已全數移交或清查完畢。由於馬前總統於卸任僅13日即提出出境申請，新政府交接迄今時日尚短，相關清查作業時間尚有不足，本府基於保護國家機密之精神，對本案仍應審慎以對。
（三）香港對我國家安全之維護係屬高度敏感地區，卸任總統於出境管制期間造訪香港之風險難以管控。
依據國家機密保護施行細則第32條第2項規定，申請人需檢具「出境行程」、「所到國家或地區」、「從事活動」、「會晤之人員」等資料，由原服務機關審酌。因此「所到國家或地區」為准駁之重要考量。依我國現今所處國際情勢，並考量國家安全及利益，香港對我國家安全之維護係屬高度敏感地區，卸任總統於出境管制期間造訪香港之風險難以管控。
（四）國安局與香港政府相關合作並無前例可循，復以本案時間緊迫，難以與中國大陸及香港政府充分協商。
國家機密保護法自92年2月6日公布生效以來，並無卸任總統依該法規定申請出境之前例，然依法對卸任總統出國開會、參訪、演講或從事公、私行程，其人身安全應受到保護，並由國家安全局提供安全護衛及必要之保護。
卸任總統涉密程度極高，對其提供充足的人身保護及安全戒備，與國家機密保護密不可分。惟國安局與香港政府有關單位之間的相關合作，並無前例可循，復以馬前總統於甫卸任之際即規畫赴港，時間緊迫，政府難以與中國大陸及香港政府充分協商，其人身安全、禮遇等相關事項難獲明確保障，因此更應審慎斟酌。
考量上述因素，為維護整體國家利益，建議不予同意此次申請。惟不予同意其申請，並無阻撓馬前總統公開演說或國際發聲之用意或可能。環顧往例，馬前總統多次透過視訊會議方式舉行國際活動或會談，例如與歐洲議會議員視訊會議、與美國史丹佛大學「民主、發展暨法治中心」(Center on Democracy, Development, and the Rule of Law, CDDRL) 視訊會議、與美國史丹福大學合辦「紀念抗戰勝利70週年系列活動」視訊會議、與美國華府智庫「戰略暨國際研究中心」（CSIS）舉行視訊會議等。
另經查，香港某媒體亦曾於本年2月間來函，邀請馬前總統於卸任後之7月下旬前往香港演講，經前總統府秘書長曾永權回函表示「惟以屆時恐尚未便赴港，……至前述活動可否以『視訊』之方式辦理，並請參酌。」可知該等作法在馬政府任內的考量，在並不需親自出境之下，亦能達成發表演說的目的，似不啻為本案在權衡相關風險評估下的較佳選擇。
本案為國家機密保護法公布施行以來，首度卸任總統於管制期間申請出境之個案，而過去對於類似案件之准駁並無完整之審酌與評估作業流程，基於申請人曾任總統身分之特殊性、重要性及機敏性，自應藉由本申請案之處理過程，回歸國家機密保護法之立法意旨及目的，建立具有公信力之審核機制。
另針對本府歷來對相關案件之申請規範，與國家機密保護法施行細則第32條第2項有所落差一節，依據法務部意見，國家機密保護法施行細則第32條第2項規定國家機密保護法第26條所列人員「應」於出境20日前提出申請，其目的在於給予核定之人員具有充足審酌及評估期間。惟前述同項所列七款國家機密之範圍甚廣，保密需求度不一，因此各機關亦得在申請期限上斟酌機密層次、行政流程、核定人員身分等因素，以符實際。
